BOSCHIERO, C.

CESAR, A. S. M.

COUTINHO, L. L.

GARRICK, D. J.

GODOY, T. F.

LEDUR, M. C.

MOREIRA, G. C. M.

MOURA, A. S. A. M. T.

English

Repository Open Access to Scientific Information from Embrapa

15/02/2016 Abstract: Genome­Wide Association Studies Reveal Genomic Windows and Candidate Genes Related to Fat Deposition in Chickens (Plant and A…https://pag.confex.com/pag/xxiv/webprogram/Paper19353.html 1/2When:January 08 ­ 13, 2016Where:P0647Genome­Wide Association Studies Reveal Genomic Windows and Candidate Genes Related toFat Deposition in ChickensGabriel C M Moreira , University of São Paulo/ESALQ, Piracicaba, SP, BrazilAline S.M. Cesar , University of São Paulo/ESALQ and Iowa State University, Ames, IAThaís Fernanda Godoy , University of São Paulo/ESALQ, Piracicaba, SP, BrazilClarissa Boschiero , University of São Paulo/ESALQ, Piracicaba, SP, BrazilMonica Correa Ledur , Embrapa Swine and Poultry, Concordia, BrazilDorian J. Garrick , Department of Animal Science, Iowa State University, Ames, IAAna Silvia Alves M. T. Moura , São Paulo State University/FMVZ, Botucatu, BrazilLuiz L. Coutinho , University of São Paulo/ESALQ, Piracicaba, SP, BrazilAbdominal and total fat content are economically important traits in commercial chicken lines. The aimsof this study were to estimate genomic heritability, and identify genomic windows and candidate genesassociated with fat deposition in chickens. A total of 497 42 day­old chickens from the EMBRAPA FChicken Resource Population developed for QTL studies were genotyped with the 600K genotypingarray (Affymetrix ). Total fat in grams (TFg) and as a percentage of dry matter (TF%), abdominal fatweight (AbFg) and its percentage (AbF%) were measured. GWAS analyses were performed withGenSel software using BayesB method (π=0.999) to estimate heritability and identify 1Mb windowsassociated with fat deposition traits. Quality control of loci and birds was based on DishQC>0.82,sample call rate >90%, SNP call rate >98%, MAF>2% and SNPs located in autosomal chromosomes,leaving 480 samples and 441,158 SNPs. The heritability values obtained were 0.45 for AbF%, 0.42 forAbFg, 0.40 for TFg and 0.50 for TF%. The genomic windows that explained the highest proportion ofgenetic variance for each trait were on GGA1 at 52 Mb explaining 3.77% and 1.94% for AbF% andAbFg, respectively; on GGA1 at 168 Mb explaining 1.52% for TFg, and on GGA28 at 3 Mb explaining1.33% for TF%. In these windows, seven candidate genes related to fatty acids biosynthesis wereidentified: ITM2B, CTK­1, PGPEP1, USPL1, Slc7a1, USE and ISX. Mutations in these genes mightregulate fat deposition and, following validation, strategies for animal selection based on theirgenotypes could be applied to improve the quality of chicken carcass.Back to: Genome Mapping, Tagging & Characterization: Poultry << Previous Poster | Next Poster >>Home/SearchBrowse by DayBrowse by TypePoster CategoriesMeeting Information2®15/02/2016 Abstract: Genome­Wide Association Studies Reveal Genomic Windows and Candidate Genes Related to Fat Deposition in Chickens (Plant and A…https://pag.confex.com/pag/xxiv/webprogram/Paper19353.html 2/2San Diego, CA

Genome-wide association studies reveal genomic windows and candidate genes related to fat deposition in chickens.

http://www.alice.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/1045625/1/final8144.pdf

Genome-wide association studies reveal genomic windows and candidate genes related to fat deposition in chickens.

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Repository Open Access to Scientific Information from Embrapa