Sistemas de cultivo orgânico têm no manejo de praga s grandes limitações. As poucas opções de produtos para o controle das pragas podem comprometer significativamente as produções. Com o algodoeiro não é diferente, por ser uma planta propensa ao ataque de pragas em todas as suas fases fenológicas, o MIP fica muito dependente as interações tróficas. Sabe-se que bactérias presentes nas rizosferas desempenham importante papel nas interações com as plantas, podendo conferir resistência a estresses bióticos e abióticos
