Este trabalho teve por objetivo caracterizar e comparar a estrutura genética de 29 clones de cupuaçuzeiro, Theobroma grandiflorum (Willd. ex Spreng.) Shum., oriundos de 27 subgrupos, para auxiliar no processo de seleção. Para a caracterização genética foram utilizados oito primers microssatélites específicos para cupuaçuzeiro. Foi estimada a heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He), número total de alelos/loco, bem comoo valor real de populações desses indivíduos e a relação entre si. Foi observado um número total de 23 alelos com média de 2,875 alelos/loco, sendo que, o máximo encontrado foi 6 alelos/loco. A heterozigosidade observada, em sua maioria, foi maior do que a esperada indicando ausência de endogamia. Os agrupamentos I, II, X e VXI foram os que permitiram as maiores integrações entre clones. No entanto, todas as populações apresentaram-se de forma não estruturada, indicando que o individuo de um grupo, tem a possibilidade de pertencer a outro grupo
