Este resumo descreve a organização de um repositório de dados do melhoramento de arroz da Embrapa, utilizando-se o sistema gerenciador de documentos KnowledgeTree (www.knowledgetree.com)

BRESEGHELLO, F.

LOPES JUNIOR, S.

MORAIS, O. P. de

SILVA, A. C. S.

Repository Open Access to Scientific Information from Embrapa

                                                                      ________________  1. Bolsista da Embrapa Arroz e Feijão, CP 179 , Santo Antônio de Goiás, GO, CEP 75375-000, carol@cnpaf.embrapa.br    2. Pesquisador da Embrapa Arroz e Feijão, flavio@cnpaf.embrapa.br    3. Pesquisador da Embrapa Arroz e Feijão, peixoto@cnpaf.embrapa.br   4. Desenvolvedor de Software da Embrapa Arroz e Feijão, sergio@cnpaf.embrapa.br  Introdução Em programas de melhoramento de plantas, os dados de ensaios de campo são essenciais para a escolha das linhagens que apresentam características agronômicas mais favoráveis.  Os dados antigos encontram-se arquivados em papel ou arquivos digitais, em microcomputadores ou em pastas compartilhadas em rede local, ou ainda em disquetes ou CDs. Todavia, essa forma de armazenamento de dados apresenta riscos de perda, por danos à midia ou exclusão acidental, além de dificultar o acesso a dados antigos. Sistemas gerenciadores de documentos podem ser utilizados para garantir o armazenamento, localização, recuperação e controle de acesso a documentos, de forma simples e confiável.  Este resumo descreve a organização de um repositório de dados do melhoramento de arroz da Embrapa, utilizando-se o sistema gerenciador de documentos KnowledgeTree (www.knowledgetree.com).  Material e métodos O repositório de dados do melhoramento de arroz da Embrapa contém os resultados dos ensaios do programa de melhoramento de arroz irrigado e de terras altas, coordenado pela Embrapa Arroz e Feijão no período de 1983 a 2007. Tratam-se de arquivos texto, formatados para análise no pacote estatístico SAS (<arquivo.sas>), incluindo na maioria dos casos os comandos utilizados para sua análise. Estes arquivos ocupam pouco espaço de memória, e podem ser importados para planilhas eletrônicas se necessário.  Para criação deste repositório está sendo utilizado o software KnowledgeTree, desenvolvido pela Jam Warehouse e licenciado segundo termos da licença KnowledgeTree Public License (open source e freeware). Este programa foi traduzido para a língua portuguesa do Brasil e o pacote de linguagem está disponibilizado para a comunidade. Uma tela deste sistema é apresentada na Figura 1.  Os documentos a serem inseridos no repositório são associados a metadados, baseados no cabeçalho dos arquivos (Tabela 1). Os metadados são usados para classificar e/ou informar sobre o conteúdo do documento, facilitando também o processo de busca. A busca pode ser simples ou avançada, utilizando-se os metadados ou o próprio texto do arquivo. Na busca avançada é possível informar e associar diversos critérios para recuperar os documentos, tornando a busca mais precisa.   Tabela 1. Descrição dos metadados utilizados no banco de dados do melhoramento de arroz. Metadado Descrição  Sistema Irrigado ou terras altas Categoria Ensaio de rendimento, entomologia, fitopatologia, molecular, qualidade de grãos, recursos genéticos, etc. Tipo Ensaio de Valor de Cultivo e Uso (VCU), Preliminar (EP), Regional (ER), etc. População Elite, Seleção Recorrente, Germoplasma, etc. Produção Média Produção média de grãos, em kg/ha CV Coeficiente de variação da produção CV (Classe) Baixo, médio, alto e muito alto Ano Ano que o ensaio foi colhido Estado Estado da Federação Município Local de condução do ensaio   Até o presente, o repositório encontra-se na Intranet da Embrapa Arroz e Feijão e pode ser acessado, via navegador web, por qualquer usuário devidamente autenticado. Nele existem dois níveis de acesso: administrador, com atribuição de entrada e exclusão de arquivos e alteração de metadados; e usuários, os quais terão acesso apenas para leitura dos metadados, com opção de baixar os arquivos de dados. Além do controle de acesso, metadados para descrição dos documentos e um serviço de busca para localizá-los, o repositório ainda fornece ferramentas para controle de versão e associação de documentos relacionados entre si. O uso destas ferramentas é previsto para uma fase posterior do trabalho.  Resultados O sistema de gerenciamento de dados do melhoramento de arroz da Embrapa está em fase de montagem. O trabalho teve início em agosto de 2006 e tem previsão de término em julho de 2007. Até janeiro de 2007, o sistema recebeu 1870 Construção de um repositório de dados do programa de melhoramento de arroz da Embrapa Ana Carolina Simões Silva1, Flávio Breseghello2, Orlando Peixoto de Morais3, Sérgio Lopes Junior4  arquivos, o que corresponde a 62,3% da meta de  3000 arquivos retroativos a serem inseridos. Dos arquivos inseridos, aproximadamente 61,8% são dados de arroz de terras altas, indicando que a Embrapa possivelmente tenha dado mais ênfase ao melhoramento para este sistema do que para o sistema irrigado (Tabela 2). É importante ressaltar, no entanto, que os dados inseridos no sistema até o momento representam aqueles mais facilmente disponíveis.    Tabela 2. Número de ensaios inseridos no sistema de gerenciamento até janeiro de 2007, classificados por ano e sistema de cultivo.    Ano Sistema  Total  Irrigado Terras Altas   1982 a 1989 78 283 361 1990 15 0 15 1991 36 18 54 1992 37 37 74 1993 50 45 95 1994 38 29 67 1995 23 76 99 1996 63 60 123 1997 35 63 98 1998 61 56 117 1999 39 54 93 2000 9 74 83 2001 36 70 106 2002 35 22 57 2003 62 105 167 2004 54 82 136 2005 44 81 125 Total 715 1155 1870  38,2% 61,8% 100%   Discussão Programas de melhoramento de plantas geram um grande volume de dados ao longo do tempo. Além da utilidade imediata para seleção de famílias e linhas, os dados podem ser usados em análises plurianuais. Para isso é necessário que os dados sejam mantidos de forma segura e acessível, e para isto os dados do melhoramento do arroz estão sendo organizados no repositório.  A coleção de dados de ensaios de arroz da Embrapa será útil, entre outros, para: 1) comprovação de valor de cultivo e uso (VCU) de materiais testados em vários anos; 2) estudos de ganho genético do programa, em que se avalia a variação de um dado caráter ao longo do tempo, descontada a variação ambiental [1]; 3) estudos de estabilidade e adaptabilidade, em que genótipos são comparados quanto a aspectos da interação genótipo x ambiente [2]; 4) análise de associação entre genótipos e fenótipos para identificação de marcadores relacionados a caracteres agronômicos [3]; 5) modelagem ambiental para seleção de locais para condução de ensaios futuros e recomendação específica de cultivares para ambientes restritos [4]. Estes dados poderão servir como um recurso para pesquisas ao nível de pós-graduação em melhoramento de plantas. Como trabalhos futuros, poderão ser investigadas e implantadas técnicas para agrupamento e extração de conjuntos parciais dos dados de ensaios, a partir dos documentos disponíveis no repositório, permitindo mais facilmente o uso dos mesmos. O presente sistema representa um avanço quanto à organização dos dados do melhoramento, e um primeiro passo em direção à montagem de um banco de dados com todas as funcionalidades oferecidas pelos modernos sistemas de busca e filtragem atualmente disponíveis.    Agradecimentos Agradecemos a toda a equipe do melhoramento de arroz que contribuiu para a geração dos dados dos ensaios.  Referências  [1] BRESEGHELLO, F., MORAIS, O. P., RANGEL, P. H. N. (1998). A new method to estimate genetic gain in annual crops. Genet. Mol. Biol. 21, 551-555. [2] DUARTE, J. B., ZIMMERMANN, M. J. O. (1992). Comparison of three methods used for the study of adaptation and phenotypic stability in the common bean (Phaseolus vulgaris L.). Revista Brasileira de Genetica 15, 125-136. [3] BRESEGHELLO, F., SORRELLS, M. E. (2006). Association analysis as a strategy for improvement of quantitative traits in plants. Crop Sci. 46, 1323-1330. [4] ANNICCHIARICO, P., BELLAH, F., CHIARI, T. 2005. Defining subregions and estimating benefits for a specific-adaptation strategy by breeding programs: a case study. Crop Sci. 45, 1741-1749.       Figura 1. Imagem da tela do computador mostrando o ambiente do sistema de informação KnowledgeTree, com ensaios de arroz relacionados e opções para visualização de metadados ou para baixar os arquivos texto contendo os dados originais.    

Construção de um repositório de dados do programa de melhoramento de arroz da Embrapa.

RCAAP - Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal

http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/214995/1/2007237.pdf

Construção de um repositório de dados do programa de melhoramento de arroz da Embrapa.

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