Objetivou-se com este trabalho modificar o protocolo de extração de DNA do gênero Pestalotiopsis. Foram obtidos 200 mg de micélio de 11 isolados de Pestalotiopsis sp. O protocolo de extração proposto por Joshi (2009) foi modificado e testado retirando-se o fenol no processo de desproteinização do DNA. A quantidade de DNA genômico extraído foi quantificada em fotodocumentador e a qualidade do DNA final foi avaliada em gel 0,9% de agarose e em reações de marcadores RAPD. A metodologia sem o emprego do fenol proporcionou quantidade satisfatória (32,55 a 49,92 ng/µL) e pureza de DNA para caracterização molecular do fungo. O protocolo modificado, portanto, pode ser utilizado para extrair DNA do gênero Pestalotiopsis com eficiência do método e segurança para os usuários
