O muçuã (Kinosternon scorpioides) é uma espécie de extrema importância econômica no Estado do Pará, sendo indispensáveis estudos que viabilizem sua conservação e sua caracterização genética, a fim de direcionar programas de melhoramento nessa espécie e o monitoramento da sua variabilidade. O objetivo foi avaliar a variabilidade genética existente em populações de Kinosternon scorpioides do Banco de Germoplasma Animal da Amazônia Oriental (BAGAM), localizado em Salvaterra, na ilha de Marajó, no Estado do Pará, a fim de realizar uma caracterização molecular inicial da espécie. Foram utilizados marcadores moleculares RAPD (Polimorfismos de DNA Amplificados ao Acaso). Para tanto, foram obtidas amostras de DNA a partir de sangue total de 39 indivíduos de diferentes populações. A seleção de primers foi realizada a partir de um screening de quatro kits (kit OPA, OPU, OPJ, OPM), dos quais foram selecionados os doze mais polimórficos, que geraram bandas no intervalo de três a oito, viáveis para utilização. A análise de similaridade genética foi realizada com 53 marcadores RAPD, no programa NTSYS-pc, 2.0 utilizando o coeficiente de Jaccard. A partir dos dados gerados pela UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean), pôde-se dimensionar a variabilidade existente entre os mesmos. Foram obtidos intervalos de similaridade genética variando de 3-98%, sendo que os indivíduos mais divergentes foram o M8 e o M14 com o M33 (0,03) e os mais similares, os genótipos M3 e o M4 (0,98). Os resultados indicaram a existência de variabilidade genética a ser explorada na espécie, tanto para programas de melhoramento genético como para a conservação da mesm