Uma das formas de identificação rápida de genótipos para composição de um banco de germoplasma é por meio da técnica de marcadores isoenzimáticos e moleculares. Com o objetivo de avaliar a variabilidade genética de acessos de Jatropha sp. Utilizou-se a técnica de marcadores isoenzimáticos e moleculares tipo RAPD. Foram utilizados 14 acessos de pinhão manso de diferentes origens, coletadas folhas jovens e procedido a extração (Isoenzimas) e purificação do DNA (RAPD). Para as isoenzimas a revelação foi feita para os sistemas enzimáticos álcool desidrogenase (ADH), esterase (EST), glutamato oxaloacetato transaminase (GOT) e peroxidase (PO), e na amplificação do DNA foram utilizados 14 oligonucleotídeos, sendo os produtos de amplificação separados em gel de agarose 0,8%, corados com brometo de etídio (0,5 µg/mL) e visualizados sob luz UV. As estimativas das similaridades genéticas (Sgij) entre cada par de genótipos foram calculadas pelo coeficiente de Jaccard usando o programa NTSYS-pc versão 2.1. Na análise de isoenzimas, os acessos mais similares foram 1 e 3, com 89% e o mais divergente foi o acesso 13 com 71%. No RAPD houve formação de grupos da espécie Jatropha curcas L. E do gênero Jatropha sp. O acesso 109 obteve 90% de divergência com os demais acessos. Os grupamentos formados apresentaram origens diversas, sendo possível um estudo de melhoramento visando características agronômicas desejáveis. Com os marcadores utilizados é possível a caracerização do banco de germoplasm