O melhoramento genético tem sido um dos grandes responsáveis pelos avanços na agricultura, com o desenvolvimento de cultivares superiores, quer pela maior produtividade, quer pela melhor adaptação aos ambientes adversos. O sucesso de um programa de melhoramento genético depende, fundamentalmente, de algumas etapas como a escolha de genitores e a seleção de genótipos superiores. Desde o surgimento dos marcadores RFLP, na década de 1980, as metodologias para a exploração dos polimorfismos de DNA têm sido alvo de grandes avanços na automação e na geração de dados em larga escala, fornecendo uma amostragem do genoma, cada vez mais ampla, a um custo menor. Assim, com a tendência do aumento crescente no volume de dados, associada à redução nos custos, os marcadores moleculares firmam-se como estratégias sólidas para auxiliar o melhoramento genético, assim como estudos sobre clonagem e função de genes, filogenia diversidade e estrutura genética em espécies cultivadas e silvestres. Serão apresentados marcos importantes na evolução das tecnologias de marcadores de DNA e algumas das suas aplicações, com ênfase nas análises de diversidade, mapeamento genético e seleção assistida em plantas