Objetivou-se estudar as relações canônicas obtidas de dados morfológicos e moleculares de populações naturais de babaçu. Realizaram-se análises morfológica e molecular. Os dados morfológicos foram obtidos no período de março a dezembro de 2010, sendo eles: número de cachos/planta, circunferência do estipe ao nível do solo, circunferência do estipe ao nível do peito, altura do estipe, peso dos frutos/planta, peso das amêndoas/planta, peso das amêndoas/peso dos frutos, números de frutos/planta, peso médio dos frutos, números de amêndoas e peso médio das amêndoas. Os dados moleculares obtidos constituíram uma matriz binária a partir das bandas dos fragmentos amplificados ao acaso dos marcadores RAPD. Procedeu-se com as análises de correlações canônicas, considerando-se dois conjuntos de variáveis. Na análise de variância multivariada (MANOVA) e testes de comparação de médias, observa-se significância a 1% de probabilidade entre os dados analisados. Os resultados obtidos evidenciam uma baixa correlação entre os dados morfoagronômicos e moleculares nas populações estudadas (< 0,60), com uma média absoluta de 0,118027. O maior valor de correlação encontrado é 0,5683 e há 56 correlações nulas
