A variabilidade genética das inúmeras espécies do gênero Passiflora vem sendo caracterizada por meio de estudos fenotípicos e moleculares. Contudo, a caracterização molecular de passifloras, pode ser considerada incipiente, visto o grande número de espécies ainda não estudadas e o potencial inexplorado para essas espécies com marcadores moleculares (Cerqueira-Silva et al., 2008). Os marcadores do tipo microssatélites, também conhecidos como SSR (Simple Sequence Repeats) são sequências de 1 a 6 pares de bases repetidas em tandem. Suas principais vantagens são a co-dominância, o multialelismo, a geração de alto nível de polimorfismo, alta reprodutividade, rapidez e simplicidade da técnica, baixo custo de utilização e grande poder de resolução (Oliveira et al., 2006). Entre as dificuldades está o alto custo no desenvolvimento dos iniciadores e na difícil análise de polimorfismos em géis de alta resolução. Assim, esse trabalho teve como objetivo otimizar a amplificação de iniciadores de SSR desenvolvidos para Passiflora edulis Sims., em outras espécies do gênero
