A formação da raça bovina Canchim, 5/8 Charolês + 3/8 Zebu, cuja base genética foi ampliada pelo desenvolvimento de três linhagens (antiga, nova e cruzada), buscou aproveitar o vigor híbrido e complementar a alta velocidade de crescimento e boa qualidade de carne do Charolês (Europeu) à adaptação aos trópicos do Zebu. O genótipo mitocondrial (mtDNA) é controlado por herança materna e suas variações podem levar a diferenças fenotípicas para características produtivas. No Canchim, o tipo de mtDNA (Europeu/taurus ou Zebu/indicus) não era conhecido. Neste trabalho, animais da raça Canchim do rebanho da Embrapa Pecuária Sudeste foram caracterizados por meio da genotipagem do mtDNA por PCR alei o-específico. Pela avaliação genealógica, foram determinadas as 173 matriarcas Zebus (62 Indubrasil, 3 Guzerá e 108 Nelore) formadoras da raça e seus 6.749 descendentes. Nos animais com material genético disponível (n=6.404), descendentes de 144 matriarcas, e nos animais vivos em dezembro de 2007 (n=689), descendentes de 107 dessas matriarcas e distribuídos nas três linhagens (25,3% antiga, 45,7% nova e 29,0% cruzada), a freqüência de mtDNA indicus variou de 1,15 a 2,05%. Assim, nesse rebanho Canchim há predominância de animais com mtDNA taurus, apesar de fêmeas Zebus terem sido utilizadas na formação da raça. A caracterização do mtDNA pode ser utilizada para a seleção de animais com o genótipo mitocondrial de interesse. Entretanto, a baixa freqüência de mtDNA indicus não permite a avaliação de efeitos do mtDNA sobre características de produção em Canchim
