Há uma necessidade de adotar estratégias de conservação para as populações naturalizadas de animais domésticos para assegurar a manutenção destas para o futuro. Este estudo visa contribuir para o conhecimento da variabilidade genética por meio de marcadores de microssatélites em caprinos naturalizados Moxotó, Canindé e Marota. Foram amostrados 124 animais adultos dos grupos Moxotó, Canindé e Marota dos núcleos de conservação da Embrapa. O DNA extraído foi amplificado mediante a reação em cadeia polimerase (PCR) e genotipado através do programa Fragment Profile (Amersham Bioscience). O método UPGMA (Unweighted Pair Group Method With Arithmetic Mean) foi utilizado para construção do dendograma com bootstrap (1000 repetições) pelo programa TFPGA (Miller, 1997). O dendograma agrupou no primeiro nódulo as populações Moxotó e Canindé e o bootstrap apresentou 75% de similaridade neste nódulo. No segundo nódulo houve a inclusão das três populações e obteve bootstrap de 100%. O número de loci suportando cada nódulo foram quatro e cinco, respectivamente. O método UPGMA, utilizando as distâncias de Nei (1978), permitiu o discernimento das populações caprinas com base em dados moleculares
