La formulación del POMCA, se desarrolló siguiendo la metodología propuesta en la Guía técnico científica desarrolla por el IDEAM, la cual comprende las fases de Aprestamiento, Diagnóstico, Prospectiva, Formulación, Seguimiento y Control. La conexión entre la situación ambiental actual y los escenarios de futuro se construye en la fase de Formulación por medio de Lineamientos de política, líneas estratégicas, Programas y Proyectos, los cuales serán implementados y vigilados por las autoridades ambientales