Introducción: El muestreo probabilístico por conglomerados MC es una técnica estadística que se aplica en encuestas epidemiológicas. Permite tener información exhaustiva y valida, de manera rápida, de eventos y determinantes de la salud. Objetivo: Documentar la técnica del muestreo por conglomerados monoetápico utilizando el Sistema de Información de Base Comunitaria para la Atención Primaria en Salud - SICAPS como encuesta poblacional. Métodos: Se describen los aspectos más importantes de cada uno de los pasos metodológicos haciendo énfasis en los fundamentos del MC monoetápico. El MC se realizó sobre una población de aproximadamente 100 000 habitantes de la comuna 18 de Cali. La muestra abarcó 30 manzanas y se encuestaron 3026 personas. La información se recolectó usando el SICAPS. Resultados: La técnica de muestreo aplicada generó información precisa y confiable para la estimación de prevalencias poblacionales de los principales eventos de salud. En población general el error fue de 2.5 %; en menores de 5 años fue del 10 %; en niños de 5 a 14 años fue de 5,7 %; en población de 10 a 59 años estuvo alrededor del 3% y en población de 60 y más años fue de 7,2%. Conclusión: El método descrito permite garantizar un error inferior a 2,5 % en la estimación de parámetros de prevalencia en la población general y errores de muestreo inferiores al 10 % para los grupos programáticos establecidos