La ionosfera è la parte della media-alta atmosfera compresa tra i 60 e i 1000 km di quota. Essa è caratterizzata da una concentrazione di elettroni tale da modificare la propagazione delle onde radio che la attraversano

Amanda Chamberlain

Ben J Hayes

Christy Vander Jagt

Lambros T Koufariotis

Yi-Ping Phoebe Chen

PubMed

Long non-coding RNA (lncRNA) have been implicated in diverse biological roles including gene regulation and genomic imprinting. Identifying lncRNA in bovine across many differing tissue would contribute to the current repertoire of bovine lncRNA, and help further improve our understanding of the evolutionary importance and constraints of these transcripts. Additionally, it could aid in identifying sites in the genome outside of protein coding genes where mutations could contribute to variation in complex traits. This is particularly important in bovine as genomic predictions are increasingly used in genetic improvement for milk and meat production. Our aim was to identify and annotate novel long non coding RNA transcripts in the bovine genome captured from RNA Sequencing (RNA-Seq) data across 18 tissues, sampled in triplicate from a single cow. To address the main challenge in identifying lncRNA, namely distinguishing lncRNA transcripts from unannotated genes and protein coding genes, a lncRNA identification pipeline with a number of filtering steps was developed. A total of 9,778 transcripts passed the filtering pipeline. The bovine lncRNA catalogue includes MALAT1 and HOTAIR, both of which have been well described in human and mouse genomes. We attempted to validate the lncRNA in libraries from three additional cows. 726 (87.47%) liver and 1,668 (55.27%) blood class 3 lncRNA were validated with stranded liver and blood libraries respectively. Additionally, this study identified a large number of novel unknown transcripts in the bovine genome with high protein coding potential, illustrating a clear need for better annotations of protein coding genes

Koufariotis, Lambros T.

Chen, Yi-Ping Phoebe

Chamberlain, Amanda

Jagt, Christy Vander

Hayes, Ben J.

University of Queensland eSpace

A catalogue of novel bovine long noncoding RNA across 18 tissues

Alfonsi, Lu.

Pau, S.

Zuccheretti, E.

Earth-prints Repository

INGV
0 5 10 15 20 25 30 35 40
35
40
45
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55
60
Roma
Palermo
LONGITUDINE
Frequenza massima (MHz)
Ore 09:00
LA
T
IT
U
D
IN
E
2 4 6 8 10  12 14 16 18 20 22 24 26 28 30
Regione D
Regione E
Regione F
Ra
di
az
io
ne
 
So
la
re
Giorno
Notte
La ionosfera è la parte della media-alta atmosfera compresa tra i 60 e i 1000 km di 
quota caratterizzata da una concentrazione di elettroni tale da modificare la propagazione 
delle onde radio che la attraversano. 
I n f a t t i l e o n d e r a d i o e m e s s e d a u n a 
s taz ione t rasmi t tente co l locata su l la 
superficie terrestre vengono assorbite e/o 
riflesse dalla ionosfera, a seconda della 
frequenza del segnale. 
Questa loro proprietà rende, in alcune 
condizioni, la ionosfera simile ad un enorme 
specchio che riflette i segnali emessi dal 
trasmettitore, deviandoli sul ricevitore, nel 
caso in cui le due stazioni radio non siano a 
vista, a causa della curvatura terrestre o a 
c au sa d i o s t a c o l i f r a ppo s t i q ua l i , a d 
esempio, montagne.
La ionosfera costituisce un mezzo 
naturale di comunicazione che non è 
esposto alla vulnerabilità delle linee 
telefoniche o satellitari e quindi 
estremamente utile in caso di calamità. 
La ionosfera è costituita dalle regioni 
ionosferiche, note come D, E, F; la loro 
esistenza e variabilità è fortemente 
influenzata dall’ora, dall'area geografica, 
dalla stagione e dall’attività solare. Ad 
esempio, le regioni D ed E scompaiono 
durante la notte, mentre la F persiste.
Per collegare due stazioni radio si devono 
usare frequenze diverse a seconda della 
distanza del collegamento e delle condizioni 
in cui ci si trova. Per questo motivo esiste il servizio ionosferico nazionale dell’Istituto 
Nazionale di Geofisica e Vulcanologia che fornisce previsioni bimestrali sulle frequenze 
da utilizzare per i radiocollegamenti.
Cosa possiamo dedurre da una mappa come questa?
Questa mappa è un esempio delle tavole di previsione ionosferiche che l’INGV ha fornito 
alle Forze Armate e alla Protezione Civile 
per il mese di Novembre 2003. In essa 
sono rappresentate le isolinee* della 
massima frequenza che deve essere 
utilizzata per collegare una trasmittente 
posta a Roma con una ricevente posta 
nell’area mediterranea. Per esempio, se 
vogliamo effettuare un collegamento tra 
Roma e Palermo alle ore 9 (Tempo Locale di 
Roma) dovremmo utilizzare frequenze 
minori di 8 MHz.
(*isolinea = linea che unisce punti aventi lo stesso valore)
LA IONOSFERA: COMUNICARE...NATURALMENTE!
 03/2004Geopaginala
Istituto Nazionale di 
Geofisica e Vulcanologia
Via di Vigna Murata, 605
00143 Roma
www.ingv.it
n. 3 marzo 2004
     L'Istituto Nazionale di 
Geofisica e Vulcanologia 
è uno dei più grandi Enti 
di ricerca europei.
L'INGV opera nel settore 
delle ricerche geofisiche, 
sismologiche e 
vulcanologiche.
Sedi: Roma, Napoli, 
Milano, Palermo, 
Catania, Bologna, Pisa.
La Geopagina è 
un'iniziativa del settore 
Formazione e
divulgazione scientifica
dell'INGV che
promuove e realizza
attività formative e 
divulgative, per le
scuole e per
il pubblico, nel
campo delle Scienze 
della Terra.
L’INGV progetta e 
realizza materiale 
editoriale e 
multimediale, diffuso 
principalmente in 
occasione di mostre e 
manifestazioni 
culturali.
Questa Geopagina è 
stata realizzata da
Lucilla Alfonsi, Silvia 
Pau, Enrico Zuccheretti,
della sezione 
Geomagnetismo, 
Aeronomia e Geofisica 
Ambientale dell'INGV.
Per informazioni:
Formazione e 
divulgazione scientifica
 Istituto Nazionale di 
Geofisica e Vulcanologia
e-mail: 
infoscuole@ingv.it
     


La ionosfera: comunicare... naturalmente!

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PLoS ONE

A catalogue of novel bovine long noncoding RNA across 18 tissues.

<div><p>Long non-coding RNA (lncRNA) have been implicated in diverse biological roles including gene regulation and genomic imprinting. Identifying lncRNA in bovine across many differing tissue would contribute to the current repertoire of bovine lncRNA, and help further improve our understanding of the evolutionary importance and constraints of these transcripts. Additionally, it could aid in identifying sites in the genome outside of protein coding genes where mutations could contribute to variation in complex traits. This is particularly important in bovine as genomic predictions are increasingly used in genetic improvement for milk and meat production. Our aim was to identify and annotate novel long non coding RNA transcripts in the bovine genome captured from RNA Sequencing (RNA-Seq) data across 18 tissues, sampled in triplicate from a single cow. To address the main challenge in identifying lncRNA, namely distinguishing lncRNA transcripts from unannotated genes and protein coding genes, a lncRNA identification pipeline with a number of filtering steps was developed. A total of 9,778 transcripts passed the filtering pipeline. The bovine lncRNA catalogue includes <i>MALAT1</i> and <i>HOTAIR</i>, both of which have been well described in human and mouse genomes. We attempted to validate the lncRNA in libraries from three additional cows. 726 (87.47%) liver and 1,668 (55.27%) blood class 3 lncRNA were validated with stranded liver and blood libraries respectively. Additionally, this study identified a large number of novel unknown transcripts in the bovine genome with high protein coding potential, illustrating a clear need for better annotations of protein coding genes.</p></div

La ionosfera: comunicare... naturalmente!

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