Holl, András

Repository of the Academy's Library

Kézirat. Megjelent:  Magyar Tudomány 2015/6,  680. o.Szövegbányászat, adatbányászat, ismeretfeltárás  Új lehetőségek a tudományos kommunikációbanHoll AndrásMTA KIK2014 decemberében a LIBER1 25 szakértőt hívott meg a tudományos ismeretfeltárás aktuális kérdéseinek megbeszélésére Hágába, a Holland Nemzeti Könyvtárba. A megbeszélés eredménye a Hágai Deklaráció2 első fogalmazványa.A tudományos kommunikáció egyik izgalmas és fontos kérdése az exponenciálisan bővülő tudományos ismeretanyagban való tájékozódás (Holl,  2013). Egyrészről informatikai támogatás nélkül a kutatók egyre kevésbé képesek hatékonyan tájékozódni az információáradatban, másrészről az új informatikai lehetőségek kihasználásával új távlatok nyílnak meg előttük. A tájékozódást segítő, az információ-özönt kezelő eljárások egyik legfontosabb csoportját szövegbányászatnak, adatbányászatnak, ismeretfeltárásnak nevezzük. Ebben a cikkben a szövegbányászatra (tudományos publikációk nagy méretű halmazaiban való adatbányászatra) összpontosítunk. Mivel tudományos publikációkban a szövegen túl adatok, képek  is találhatóak, a tudományos szakirodalom informatikai eszközök segítségével történő feltárásában a szövegbányászat gyakorta adatbányászattal is társul – az angol nyelvű szakirodalom ezért a text and data mining (TDM), vagy a knowledge discovery kifejezéseket alkalmazza.A szövegbányászat a nagyméretű, szöveges adatbázisokban való, teljes szövegű kereséssel kezdődik, de további lehetőséget is magában foglal, olyan eljárásokat, amelyeknek a szöveg, a szövegösszefüggések elemzése is része. A keresőszolgáltatásokat nyújtó vállalkozások  hatalmas adatbázisokat építenek az interneten elérhető szövegekből, melyekben megkereshetjük például egy idézet forrását, szövegkörnyezetét. A keresőmotorok arról is gondoskodnak, hogy egy-két karakter elgépelése, a némileg pontatlanul felidézett szövegtöredék használata is jó eséllyel eredményt adjon. A kommersz keresők a kutatóknak is gyakorta jó szolgálatot tesznek. Ebben a cikkben olyan alkalmazásokkal foglalkozunk, amelyek nagy publikációs adatbázisok használatával, informatikai eljárások segítségével felhasználást találhatnak a tudomány területén.A tudományban azon túl, hogy az egyszerű teljes szöveges keresésnél gyakran bonyolultabb eljárásokra van szükség, különbözik a szöveges adatbázis is. A szövegbányászat jól körülhatárolt adatbázison: egy szélesebb vagy szűkebb szakterülethez vagy tudományterülethez  sorolható publikációk nagyméretű halmazán operál. A publikációk digitális szövegei származhatnak a kiadóktól, vagy repozitóriumokból. A következőkben az ismeretfeltárás néhány példáját ismertetjük.*Az MTA Nyelvtudományi Intézetének egyik projektje a Magyar Nemzeti Szövegtár. A nagyméretű szövegkorpusz (1.5 milliárd szövegszó) különböző forrásokból, eltérő stílusrétegekből épült fel: például a sajtóból, a szépirodalomból, a szociális médiából. A tudományos (inkább népszerűsítő) szövegek csak kis részét teszik ki, forrásuk a Magyar Elektronikus Könyvtár (Oravecz, Váradi és Sass, 2014). Ebben az esetben a szövegbányászat célja a szavak összegyűjtése – a korpusz és a ráépülő szolgáltatások nyersanyagul szolgálnak további kutatásokra, nagyszótár létrehozására.1 Ligue des bibliothèques européennes de recherche / Association of European Research Libraries. Az MTA Könyvtár és Információs Központ is tagja a szervezetnek.2 The Hague Declaration, http://thehaguedeclaration.com/Ugyancsak az MTA Nyelvtudományi Intézetének projektje a MATRICA (Magyar Társadalomtudományi Citációs Adatbázis; Váradi, Mittelholcz, Blága és Harmati, 2014). A projekt keretében mintegy 190 hazai szakfolyóirat több éves teljes anyagának feldolgozásával, nyelvtechnológiai eszközöket fejlesztettek irodalmi hivatkozások kinyerésére. Az eljárás a lényege a hivatkozás szövegben való felismerése, majd a hivatkozott mű bibliográfiai adatainak azonosítása. A cél bibliometriai adatok szolgáltatása olyan tudományterületeken, ahol nemzetközi citációs adatbázisokra nem támaszkodhatunk. (A bölcsészet és társadalomtudományok idézettségi adataival bővebben foglalkozik Dudás, 2013). A szövegbányászat speciális esetének tekinthetjük a plágiumkeresést. A digitális könyvtári tartalmak növekedése – talán meglepő módon - nem kedvez a plagizálásnak: a nagymértékben hasonló dokumentumok könnyen azonosíthatóak. A plágiumkereső rendszerek terén említhetjük az MTA SzTAKI KOPI-t, vagy a tudományos kiadók CrossRef rendszerének CrossCheck szolgáltatását. Ez utóbbi az iParadigms cég iThenticate szoftverével működik. A szerző saját gyakorlatából is beszámolhat a plágiumkeresés gyakorlati hasznáról. A Library and Information Systems in Astronomy VII konferencia kiadványának szerkesztésekor is sikerült a szerző által ön-plagiarizált (korábbi konferencia-kiadványban már megjelent, szóról-szóra egyező) kéziratot kiszűrni. A KOPI már egy mobiltelefonnal lefotózott oldal alapján képes az eredeti szerzőt megtalálni (Pataki, Micsik, Kovács és Szabó, 2014).A bibliometriából a szcientometria területére átlépve megemlítjük a kutatási nagyberendezések használatának és hasznosulásának vizsgálatát, a szakfolyóiratokban megjelenő adatok elemzésével. A csillagászat területén számos obszervatóriumi rendszerben működő – a távcsőidőt (műszeridőt) pályázati rendszerben elosztó – nagyberendezés működik, mint a Hubble Űrtávcső, vagy az Európai Déli Obszervatórium (ESO) nagytávcsövei a chilei Andokban (közöttük a négy 8.2 méteres óriástávcsőből álló Very Large Telescope). A kutatók pályázatokon nyernek műszeridőt, s a pályázatok esetében követelmény az elért eredményekről való beszámolás, és  a pályázati azonosítók szerepeltetése a megfigyelések alapján publikált cikkekben. Elvárható, hogy a kutatók a létrejött elsődleges publikációikat a beszámolókban felsorolják – de a beszámolás többnyire határidőhöz kötött, és a később létrejött, az adatokat felhasználó további, vagy másodlagos cikkekről a nagyberendezések tulajdonosa már nem feltétlenül értesül. A nagyberendezésekkel készült megfigyelések adatai gyakran egy idő után szabadon elérhetőek lesznek. A tudományos etika, és a publikálás alapkövetelményei szerint az adatok forrását a felhasználásukkal készült cikkek meg kell említsék – de a berendezésekre való irodalmi hivatkozások összegyűjtése már pusztán emberi erővel nem végezhető el.  Erdmann és Grothkopf (2010) az ESO telbib teleszkóp-bibliográfiai adatbázisát, és a készítéséhez használt ESO Full-Text Search tool-t (FUSE) ismerteti. Lagerstrom (2015) a szakmában kialakult „jó gyakorlatról” számol be. Ezekben az esetekben a szövegbányászat pusztán a publikációk leíró adataiban és a teljes szövegben való kifejezések keresésével történő nyers bibliográfiai lista létrehozására szorítkozik, a tényleges műszerhasználat azonosítása könyvtárosok munkájával történik. A korábban ismertetett MATRICA gépi szövegfeldolgozást alkalmaz, de a rendszer jelenlegi állapotában ott is szükség van még emberi felügyeletre. Az alkalmazott eszközök fejlődésével a jövőben lehetőség lesz mind kutatók, mind pályázati projektek,  nagyberendezések vagy intézmények eredményeinek szcientometriai követésére és elemzésére.Korábban beszámoltunk már (Holl 2013) az Astrophysics Data System szakirodalmi tájékozódást segítő funkcióiról. Egyszerű lehetőség egy relevánsnak bizonyult cikkhez hasonló további cikkek keresésére a tartalmi kivonatban, vagy a teljes szövegben előforduló szavak súlyozott gyakoriságának összehasonlítása (Kurtz és Henneken, 2012). A szakirodalmi tájékozódás fejlettebb, nyelvtechnológiai eszközöket alkalmazó lehetőségeiről számolt be Chichester, Lisacek, Kaplan és Sándor (2005).  A szerzők által a szövegben alkalmazott retorikai elemek is árulkodnak a tudományos tartalom újdonságértékéről. A PubMed adatbázisból származó orvosbiológiai cikkek kivonatainak elemzésével listát készítettek olyan fehérjékről, amelyeket a cikkekben neurodegeneratív betegségekkel hoztak kapcsolatba. A listában szereplő fehérjék egy részének neurodegeneratív betegségekkel való kapcsolatát a vizsgálat időpontjában az áttekintő cikkek nem említették – viszont a  következő évek során publikáltakban már szerepeltek. Informatikai eszközökkel gyorsan lehet a szakirodalomból fontos információkat kiszűrni. A 2013-as genfi OAI8 konferencián Sándor Ágnes a Xerox-nál fejlesztett szoftver-eszközök további alkalmazásairól is beszámolt: lehetséges a cikkeken belül a lényeges részek, kulcsfontosságú állítások automatikus kiemelése (Sándor és Vorndan, 2010).Egy-egy csillagászati objektum akár több tucatnyi névvel, azonosítóval rendelkezhet: ugyanazt az objektumot katalogizálhatták például infravörös és rádió-tartományban végzett felmérések során. A strasbourgi SIMBAD adatbázis összefoglalja az objektumok adatait és azonosítóit. A szakirodalom feldolgozása során egy DJIN nevű szoftvert alkalmaznak az objektumnevek kinyerésére (Lesteven et al., 2010). A DJIN alkalmazása is szakértői felügyeletet igényel – de jelentősen megkönnyíti az emberi munkát. Egyes csillagászati folyóiratok a cikkekben felcímkézik az objektumneveket (így jár el az Astronomy & Astrophysics és a hazai Information Bulletin on Variable Stars), ami megkönnyíti a cikkek indexelését. A többi folyóiratnál informatikai eszközök – mint a DJIN – alkalmazására van szükség, a szakirodalom mára már pusztán emberi munkaerővel nem preparálható.A georeferálás (különböző objektumok földrajzi koordinátarendszerbe illesztése) mintájára beszélhetünk genoreferálásról is: egy valamiféle kísérlet során meghatározott bázispár-sorozat (DNS-darabka) elhelyezéséről az adott élőlény teljes genomjában. A text2gene projekt (Haeussler, Gerner és Bergman, 2011) célja a szakirodalomban publikált bázispár sorozatok összekapcsolása genetikai adatbázisokban fellelhető génekkel, a genom szakirodalmi annotálása. 2011-ben a PubMed Central 150000 cikkét dolgozták fel. A kutatók dolgoznak további szövegforrások feldolgozásán – de a különböző folyóiratok kiadóinak engedélyét megszerezni a szövegbányászatra hónapokba, évekbe kerül tapasztalatuk szerint. A projekt eredményeként a genom adatbázishoz kapcsolható lesz az egyes génszakaszokkal foglalkozó szakirodalom - mint ahogy a digitális várostérképeken megtekinthető, milyen fotót töltöttek fel egy adott utcasarokról.*A tudományos folyóiratok cikkeit – még ha a szövegbányászattal próbálkozó kutató intézménye érvényes előfizetéssel rendelkezik is – nem feltétlenül egyszerű. Bár a kutatók az egyes cikkeket egyenként letölthetik, a robotokkal történő tömeges cikkletöltés könnyen az elérés blokkolását eredményezheti. Egyes kiadók, folyóiratok támogatják a szövegbányászatot – a saját elképzeléseik szerint. Ilyen az Elsevier és a  nyílt hozzáférésű Public Library of Science (PLoS). A fogadtatás vegyes: a kutatók részben az egyes szabályokat vitatják, részben azt, hogy az egyes  kiadók szabályozásai egymástól különböznek, és a hozzáférési jogok intézése jelentős terhet jelent. A szövegbányászatban rejlő lehetőségek jobb kihasználásához részben nyílt hozzáférésre, részben az egységesítésre lenne szükség.Casey Bergman, a Manchesteri Egyetem  bioinformatikusa 2012-es blogbejegyzésében3  fel is teszi a kérdést, miért nem használják ki jobban a PubMed Central által nyújtott adatbányászati lehetőségeket? Mindazonáltal felsorolja azokat a cikkeket, amelyek a repozitóriumban található teljes Open Access anyag felhasználásával készültek. A Hágai Deklaráció – e cikk írásának idején nem végleges formában, szabadon kommentálhatóan – 3 Why Are There So Few Efforts to Text Mine the Open Access Subset of PubMed Central? https://caseybergman.wordpress.com/2012/03/02/why-are-there-so-few-efforts-to-text-mine-the-open-access-subset-of-pubmed-central/az ismeretfeltárás jogi kérdéseire összpontosít. Azonban a kiadók fenntartásai között technikai jellegűek is vannak: a nagyméretű PDF fájlok tömeges letöltése túlzott terhelést jelenthet a kiszolgáló számítógépeken. A cikkek robotok által való, tömeges szüretelésének engedélyezése véleményünk szerint nem elegendő – technikai támogatásra és megegyezésekre is szükség van. A folyóiratok honlapjain található cikkek emberi „fogyasztásra” készültek. A szöveg kibontása PDF vagy HTML állományokból nem feltétlenül könnyű. Véleményünk szerint a következő lépésekre lenne szükség: a cikkek szövegének gépi formában való feldolgozásra alkalmas formában (XML, TXT) is elérhetőnek kellene lennie; külön tartalmi kivonatokat kellene készíteni automatikus feldolgozásra, a cikk lényeges állításainak szemantikus web szabványok szerinti kódolásával, nanopunlikációs4 formában; automatikusan feldolgozható változatban mellékelni kellene a táblázatokat; az adatokból rajzolt ábrákhoz mellékelni kellene az adatokat, a képekhez metaadatokat kellene társítani. a cikkeket arató robotok számára érthetővé kellene tenni a cikkhez tartozó állományok viszonyát, azt, hogy gépi vagy humán felhasználásra valók, továbbá a szövegbányászati jogosítványokat.A tartalmak egyszerű szöveges vagy XML formátumban való elérhetővé tétele választ adna a terheléssel kapcsolatos aggodalmakra is. Az öt felsorolt javaslat közül az első és az utolsó egyszerűen megvalósítható lenne. Az MTA CsFK CsI által kiadott kis folyóirat – az Information Bulletin on Variable Stars – számai szabadon letölthetőek LaTeX formátumban. Az XML sokkal jobb lenne, de a LaTeX is megfelel a szövegbányászat céljaira. Mindössze arra lenne szükség, hogy a szüretelő robotoknak jelezhessük, melyiket töltsék le a rendelkezésre álló formátumok közül, és melyik a letöltött állomány emberi szemnek szánt változata.A többi három javaslat - és az első javaslat XML opciója -  nehezebben megvalósítható. Mind a kiadóknak, mind a kutatóknak viszonylag nagyobb mértékben változtatni kellene a jelenleg követett gyakorlaton. Ahhoz, hogy a javaslatok kivitelezhetőek legyenek, szabványokra volna szükség, és arra, hogy a műszergyártók, és a szoftvergyártók ezeket termékeikbe beépítsék. Az új formátumokra, szoftverekre, szabványokra való törekvés már egy idő óta jelen van a tudományban – a bölcsészettudományokat is beleértve (Kecskeméti, 2014). A javaslatok részben a szövegbányászat megkönnyítését célozzák – részben a feje tetejéről a talpára állítják az információfeltárás kérdését. A megfelelően preparált információban sokkal könnyebb keresni – a Google nyers ereje a metaadatok alkalmazásával szemben. Ahogy Barend Mons megfogalmazta: „Minek az információt eltemetni, ha úgyis ki akarjuk bányászni?” A szövegbányászat nagy mennyiségű, digitális formában elérhető publikáció feldolgozásán alapszik. A publikációk begyűjtése történhet a kiadóktól, de repozitóriumokból is. A repozitóriumok száma örvendetesen nő, tartalmuk gyarapszik itthon is. Az MTA KIK repozitóriuma – a REAL – gyarapításánál is szempont a majdani szövegbányászati felhasználás lehetősége. Egyszerű funkciókat – mint a teljes szövegű keresés – már használni lehet. A hazai repozitóriumok aggregálásának első lépése pedig az MTA SzTAKI által fejlesztett közös kereső lehet. IRODALOM:Chichester, C., Lisacek, F., Kaplan, A., Sándor, Á. (2005): Discovering paradigm shift patterns in 4 http://nanopub.org/wordpress/biomedical abstracts: application to neurodegenerative diseases. First International Symposium on Semantic Mining in Biomedicine, Cambridge, UKhttp://www.aaronkaplan.info/publications/2005-smb.pdfDudás Anikó (2013): Hivatkozásokra vezérlő kalauz – bölcsészet és társadalomtudományok. NETWORKSHOP 2013.http://nws.niif.hu/ncd2013/docs/ehu/045.pdfErdmann, C., Grothkopf, U. (2010): Next Generation Bibliometrics and the evolution of the ESO Telescope Bibliography. LISA VI Proceedings, ASP Conf. Ser. 433, 81http://adsabs.harvard.edu/abs/2010ASPC..433...81EHaeussler, M., Gerner, M., Bergman, C.M. (2011): Annotating genes and genomes with DNA sequences extracted from biomedical articles. Bioinformatics, 27,  980. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr043Holl András (2013): Információáradat és hullámlovaglás. Magyar Tudomány. 4, 473-478http://www.matud.iif.hu/2013/04/13.htmKecskeméti Gábor (2014): Electronic Textual Criticism. In: New Publication Cultures in the Humanities. Ed.: Dávidházi P. Amsterdam Univ. Press.http://www.oapen.org/search?identifier=515678Kurtz, M., Henneken, E. (2014): Finding and Recommending Scholarly Articles. In: Beyond Bibliometrics. MIT Press.http://arxiv.org/abs/1209.1318Lagerstrom, J. (2015): Best Practices for Creating an Observatory or Telescope Bibliography from the IAU Commission 5 Working Group on Libraries. LISA VII Proceedings, ASP. Conf. Ser. 492, 99Lesteven, S. et al. (2010): DJIN: Detection in Joirnals of Identifiers and Names. LISA VI Proceedings, ASP. Conf. Ser. 433, 317Oravecz Csaba, Váradi Tamás, Sass Bálint (2014): The Hungarian Gigaword Corpus. Proceedings of LREC 2014.http://www.lrec-conf.org/proceedings/lrec2014/pdf/681_Paper.pdfPataki Máté, Micsik András, Kovács László, Szabó, Mihály (2014): KOPI-Fotó: Plágiumkeresés egy lefotózott oldal alapján. Informatika a felsőoktatásban 2014, Debrecen. http://eprints.sztaki.hu/8019/Sándor Ágnes, Vorndan A. (2010): The detection of salient messages from social science research papers and its application in document search. Workshop on Natural Language Processing Tools Applied to Discourse Analysis in Psychology, Buenos Aires, Argentina.Váradi Tamás, Mittelholcz Iván, Blága Szabolcs, Harmati Sebestyén (2014): Magyar társadalomtudományi citációs adatbázis: A MATRICA projekt eredményei. MSZNY 2014. Magyar Számítógépes Nyelvészeti Konferencia, Szeged: JATEPress, 269-279.

SZÖVEGBÁNYÁSZAT, ADATBÁNYÁSZAT, ISMERETFELTÁRÁS. ÚJ LEHETŐSÉGEK A TUDOMÁNYOS KOMMUNIKÁCIÓBAN.

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Repository of the Academy's Library