多重抗藥性沙門氏菌之重要性一直是全球性公共衛生的關注議題。沙門氏菌基因島（Salmonella genomic island 1；SGI1）中包含多重抗藥基因區域，並首次在多重抗藥Salmonella Typhimurium DT104流行中被證實，且對於五大類之抗生素產生抗藥性，分別為ampicillin (A)、chloramphenicol (C)、 streptomycin (S)、sulfonamide (Su)和tetracycline (T)。至今除沙門氏菌基因島原型外，已在不同沙門氏菌血清型及奇異變型桿菌（Proteus mirabilis）中被證實有SGI1-A至SGI1-V之變體。本研究目的為收集在台灣分離之9種不同沙門氏菌血清型菌株攜帶SGI1盛行率分佈並發展一個快速將SGI1原型和變體分型的分子診斷工具。結果顯示有22.9%沙門氏菌攜帶SGI1，而在SGI1陽性率於人和動物來源的比較結果顯示，36.7%（69/188）人類分離株為SGI1陽性率較動物分離株中的陽性率13.5%（37/275）在統計學上顯著為高（p<0.05）。不同SGI1變體被辨別在不同血清型中，分別為：S. Typhimurium有攜帶SGI1原型、S. Choleraesuis為攜帶SGI1-J3變體、S. Albany為SGI1-B和SGI1-F之變體、S. Newport為SGI1-F和SGI1-I變體以及S. Bredeney之菌株有攜帶SGI1-F，而其他血清型如：S. Enteritidis、S. Heron、S. Treforest和S. 4,[5],12:i:-則沒有SGI1之存在。然而在S. Enteritidis中雖然沒有SGI1存在，但卻有50%菌株呈現多重抗藥性的表現。另，SGI1在分子分型結果與抗藥型別之比對分析後發現，一些特殊的SGI1並不一定為固定的多重抗藥表現。就我們所知道的研究中，本研究為國際中首次發現在S. Choleraesuis中攜帶SGI1-J3和S. Bredeney中攜帶SGI1-F之變體。值得一提的是在S. Choleraesuis血清型發現一個攜帶相似SGI1-J6變體對於CSSuT抗藥之菌株，其在第一個整合子呈現intI1- sat- psp- aadA2- qacEΔ1- sul1之基因結構，並在SGI1骨架的ORF S023中沒有發現ISSen5序列之插入，因此此菌株所攜帶的SGI1變體稱之為SGI1-J6 like。Multidrug resistance (MDR) in Salmonella has become a global public health issue. Salmonella genomic island 1 (SGI1) was initially described in the epidemic Salmonella Typhimurium phage type DT104 strain and contains a MDR region with resistance of ampicillin (A), chloramphenicol (C), streptomycin (S), sulfonamide (Su) and tetracycline (T). Variants of SGI1 from SGI1-A to SGI1-V have been described in different Salmonella serovars and Proteus mirabilis. The objective of this study was to develop a quick molecular method to identify SGI1 variants in 463 Salmonella isolates including 9 serovars in Taiwan. The results indicated that 22.9% of Salmonella isolates carrying SGI1, and prevalence of SGI1 positivity in human isolates were significantly higher than that in animal isolates (36.7% vs. 13.5%; p<0.05). Different SGI1 variants were identified in various Salmonella serovars: SGI1 in S. Typhimurium, SGI1-J3 in S. Choleraesuis, SGI1-B and SGI1-F in S. Albany, SGI1-F and SGI1-I in S. Newport and SGI1-F in S. Bredeney. None of the S. Enteritidis, Heron, Treforest and Salmonella serovar 4,[5],12:i:- were SGI1-positive. However, MDR of ACSSuT could still be observed in S. Enteritidis. It was also found that the isolate with the specific SGI1 variant did not always show a unique MDR phenotype. To the best of our knowledge, this is the first study to identify SGI1-J3 in S. Choleraesuis and SGI1-F in S. Bredeney. Furthermore, in S. Choleraesuis, we identified one novel SGI1 variant showing CSSuT resistance. This variant is closest to SGI1-J6 but with the gene cassette of intI1- sat- psp- aadA2- qacEΔ1- sul1 in the first fragment of class I integron and without insertion of ISSen5 within ORF S023 in SGI1 backbone.目次
第一章 文獻探討1
第一節 沙門氏菌（Salmonella）多重抗藥性的流行病學1
第二節 沙門氏菌基因島（Salmonella genomic island 1；SGI1）的特性2
第三節 沙門氏菌基因島（SGI1）及其變體的分子流行病學4
第四節 研究目的8
第二章 材料與方法9
第一節 沙門氏菌（Salmonella）來源及培養9
第二節 分子鑑定10
第三節 藥物敏感性試驗12
第四節 統計學檢定分析13
第三章 結果14
第一節 不同沙門氏菌血清型之多重抗藥性分佈情形14
第二節 不同沙門氏菌血清型基因島1 (SGI1)的比較14
第三節 沙門氏菌基因島1（SGI1）與其變體之多重抗藥性區域的基因型別比較15
第四節 初步判定沙門氏菌基因島1（SGI1）變體菌株之變體型別確認16
第五節 沙門氏菌基因島1（SGI1）之分子分型結果與抗藥型別之比對分析17
第六節 沙門氏菌基因島1（SGI1）變體與抗藥表現型在不同血清型的分布18
第七節 沙門氏菌基因島1（SGI1）基因型與表現型在人與動物的分布情形19
第八節 沙門氏菌基因島1（SGI1）與其變體之流行年間分佈19
第四章 討論20
第一節 檢測沙門氏菌基因島1（SGI1）基因型與表現型之關係20
第二節 S. Choleraesuis OU7523之特別SGI1變體21
第三節 沙門氏菌基因島1（SGI1）與血清型之關係22
第四節 沙門氏菌基因島1（SGI1）在人類與動物之間的關係24
第五節 沙門氏菌基因島1（SGI1）與Fluoroquinolone抗藥情形之關係25
第五章 總結26
參考文獻27
附件(圖、表)3
