Identification génotypique de bactéries du genre Clostridium par analyse du polymorphisme de gènes d'enzymes domestiques

Abstract

Le polymorphisme de gènes domestiques de bactéries du genre Clostridium a été étudié afin de développer un marqueur taxonomique et phylogénétique alternatif à l'ADNr16S. Après avoir évalué plusieurs gènes domestiques candidats chez douze espèces de Clostridium (gène sod codant la superoxyde dismutase, gap, la glycéraldéhyde phosphate déshydrogénase, rpoB, l'ARN polymérase (sous-unité B)...), nous avons retenu le gène tpi codant une triosephosphate isomérase. Un fragment interne de 501 pb de ce gène a pu être amplifié chez les douze souches-types par PCR touch dolvn en utilisant un couple d'amorces dégénérées de 23 nucléotides chacune. Le séquençage des amplicons et l'alignement des séquences nous ont permis de visualiser plusieurs sites de restriction de l'enzyme AIuI, possiblement spécifiques d'espèces. Les amplicons digérés par AIuI ont alors généré des profils distincts, qui se sont avérés spécifiques d'espèce après analyse d'un plus grand nombre de souches. L'analyse phylogénétique sur la base des séquences du gène tpi est bien corrélée à celle basée sur les séquences d'ADNr 16S.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF