Etude des étapes précoces de l'infection par le virus de l'Hépatite C (Mécanismes de réplication du génome viral)

Abstract

Le virus de l'hépatite C (VHC) infecte 3% de la population mondiale. L'infection par ce virus devient chronique dans une grande majorité des cas puis peut évoluer vers une cirrhose ou un hépatocarcinome. Deux étapes successives sont indispensables à la réplication du génome de ce virus à ARN de polarité positive : (1) l'étape de traduction du brin génomique permet de produire toutes les protéines virales, puis, (2) le complexe de réplication, reconnaît la région 3' terminale du génome et permet la synthèse du brin complémentaire ou brin (-). Le brin (-) servira ensuite de matrice au complexe de réplication pour produire un nouveau génome ou ARN (+). Dans notre travail, certains aspects de la traduction et de la réplication du génome viral ont été abordés. Dans un premier temps, nous avons étudié la régulation de la traduction du génome du VHC. Nous avons montré que ni la région 3'(+) ni l'expression des protéines virales n'influençaient l'efficacité de traduction du génome viral. Afin de mieux comprendre le mécanisme de réplication de ce virus, nous avons, dans un deuxième temps, entrepris une étude structurale de l'extrémité 3' du brin (-). La structure secondaire de cette région d'ARN a été déterminée en solution, en utilisant des sondes chimiques et enzymatiques. Cette région très structurée est reconnue par le complexe de réplication. La connaissance de sa structure nous permettra donc, de proposer des hypothèses concernant l'importance de certains nucléotides ou groupes de nucléotides dans la réplication de ce virus. En parallèle, une étude des interactions existant entre les protéines non structurales du virus (protéines formant le complexe de réplication) a été entreprise et a montré qu'elles interagissaient toutes les unes avec les autres. La dernière partie de ce travail présente dans un contexte ex vivo, différentes approches développées au laboratoire afin d'étudier la réplication du VHC et en particulier la synthèse du brin (+) à partir du brin (-).The Hepatitis C Virus (HCV) infects 3% of the world population. Virus infection becomes chronic in a large majority of cases and can evolve to cirrhosis or hepatocarcinoma. Two successive steps are essential for the replication of this positive strand RNA virus: (1) the viral genome translation which produces all viral proteins, and the (2) further recognition of the 3' non translated region (or 3'(+)) by the replication complex which allows the complementary (or (-)) strand synthesis. The minus strand is then used to produce new genomic RNA (or (+)) strands. Our work is focused on some translation and replication aspects. First, translation regulation of the genomic RNA was analyzed. We show that neither the 3'(+) region nor the viral proteins modulate the translation efficiency. In order to learn more about replication mechanisms, we studied in solution, the 3'(-) end folding with enzymatic or chemical probes. This well structured region is recognized by the replication complex. This knowledge allows us thus to propose nucleotides or groups of nucleotides essential for the viral replication. In parallel, we analyzed protein/protein interactions between the non structural proteins (which form the replication complex). We show that all non structural proteins interact ones with the others. The last part of my study concerns various approaches developed in order to study the HCV replication, and in particular the (+) strand synthesis, in an ex vivo context.STRASBOURG-Sc. et Techniques (674822102) / SudocSudocFranceF