Reconstruction in silico de voies métaboliques (application aux voies glycolitiques de Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii)

Abstract

Depuis la dernière décennie, la recherche en microbiologie fait face à un véritable changement qualitatif et quantitatif avec l émergence de la génomique (qui concerne les génomes et leur analyse) et le développement de la biologie à haut débit (tous les ʺomiquesʺ). Ce changement permet d aborder l étude du fonctionnement cellulaire (voies de signalisations, voies métaboliques) dans sa globalité, et non plus par l étude individuelle de ses acteurs biologiques. Dans le cadre de cette thèse, nous nous intéressons à la reconstruction des voies métaboliques d une bactérie d intérêt agro-alimentaire, Propionibacterium freudenreichii subsp. Shermanii (P. shermanii), à partir de l analyse de son génome. La problématique de la reconstruction de voies métaboliques est double. D une part, il faut pouvoir identifier les fonctions enzymatiques présentes dans l organisme, ce qui se traduit par l analyse du génome de P. shermanii. D autre part, il s agit de reconstruire le réseau des voies métaboliques à partir des fonctions enzymatiques précédemment identifiées. Après avoir mis en place des méthodologies et des outils bioinformatiques permettant d analyser les données génomiques de P. shermanii, nous en avons reconstruit manuellement et automatiquement les voies glycolytiques (glycose et pentose phosphates).RENNES-Agrocampus-CRD (352382323) / SudocSudocFranceF