Domaines fonctionnels de l'ARN polymérase II chez Saccharomyces cerevisiae (transcription, clivage du transcrit et couplage à la réparation)

Abstract

Ce travail porte sur l'ARN polymérase II de la levure Saccharomyces cerevisiæ. Sa première partie expérimentale concerne l'organisation du site actif des ARN polymérases de levure, au niveau de trois domaines extrêmement conservés, le motif GY..ED de la sous-unité Rpb2, associé à l'un des deux Mg++ catalytiques (MgB), la boucle basique (GDK...R.GQKG) de la même sous-unité, liant le bout 3'OH de l'ARN et la boucle acide Q.RSADE du facteur d' élongation TFIIS. Ce travail fait l'objet d'un article, actuellement en révision à Nucleic Acids Research. J'ai ensuite caractérisé des mutants de la boucle 1 (switch loop 1) étudiés dans le cadre d'une collaboration avec François Lacroute. Dans la dernière partie de ce travail, j'ai évalué la sensibilité des mutants d'ARN polymérases aux UV, afin de mieux comprendre la réparation couplée à la transcription (TCR), un mécanisme favorisant la réparation de l'ADN au niveau des brins transcrits. Ces données renforcent l'hypothèse d'une contribution directe de l'ARN polymérase II à ce mode de réparation. Elles indiquent en outre que l'ATPase ADN-dépendante Rad26, orthologue de la protéine humaine CSB, ne contribue pas à la croissance cellulaire, elle est donc seulement requise pour la réparation couplée à la transcription.DNA-dependent RNA polymerases transcribe DNA, have a RNA cleavage activity and interact with DNA repair by facilitating the removal of cylobutane dimers on the transcribed DNA strand. Their active site is formed of several highly conserved motifs organised around two catalytic Mg++. In the first part of this study, I investigated three of these motifs : the acidic loop (GY..ED) of subunit Rpb2, thought to bind Mg(B), the basic loop (GDK...R.GQKG) of Rpb2, holding the RNA 3'-OH end, and the acidic loop (Q.RSADE) of the TFIIS elongation factor. I also contributed to the genetic study of a third loop, Switch 1, conserved in all non-bacterial RNA polymerases and possibly mediating a transcriptional response to nucleotide triphosphate shortage. Finally, a characterisation of the UV-response in RNA polymerase II mutants supported the hypothesis that RNA polymerase directly contribute to the fast repair of the transcribed strand of DNA.ORSAY-PARIS 11-BU Sciences (914712101) / SudocSudocFranceF