Genomic characterization of the commensal Escherichia coli strain A0 34/86 (O83:K24:H31)

Abstract

Escherichia coli A0 34/86 (O83:K24:H31) est une bactérie commensale, utilisée pour la colonisation de nouveaux-nés. Pour identifier les caractères distinguant cette souche d'autres E. coli, nous avons caractérisé son génome. L hybridation de réseaux d'ADN "coli K12" et pathoarrays , la PCR multiplex, le séquençage des inserts de chromosomes artificiels bactériens (BAC) et le séquençage shotgun ont permis d identifier des gènes codant pour des facteurs de virulence et de fitness. Cette souche appartient à la classe phylogénétique B2. Le séquençage d un BAC de 55 kb a révélé la présence d un îlot génomique de 20 kb (GimA) identifié chez E. coli K1 responsable de méningites. La comparaison génomique entre E. coli A0 34/86 et E. coli K12, CFT073, O157:H7 et Nissle 1917 basée sur les BACs a permis la sélection de deux BACs portant les gènes nécessaires à la synthèse de la vitamine B12 (cob), à la dégradation du propanediol (pdu), des gènes de fimbriae (pix), et des gènes codant pour le système de transport de phosphoglycerate (pgt) de l îlot pathogénique V de la souche uropathogène 536. L'analyse de l opéron hémolysine d'E. coli A0 34/86 a montré que le mutant inactivé dans le locus hly ( hlyA) a une capacité de colonisation des porcelets identique à la souche sauvage. Par contre, dans le modèle du porcelet sans microbe, la survie était plus grande lors d'une colonisation par la souche mutant ( hlyA) comparée à la souche sauvage.PARIS-BIUSJ-Thèses (751052125) / SudocPARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocSudocFranceF