Etude de l'ADN gyrase B: Liaison de ligands et flexibilité moléculaire

Abstract

L ADN gyrase est une enzyme vitale pour la bactérie grâce à sa capacité de manipuler les molécules d ADN dans la cellule vivante. Cette capacité fait de l ADN gyrase une cible idéale pour des composés anti-infectieux. Dans ce travail, l ADN gyrase a été étudié par des méthodes de modélisatoin moléculaire. Une approche de conception de ligands basée sur la structure a été entreprise sur le sous-domaine N-terminal de 24 kDa de l ADN gyrase B (domaine GHKL). La flexibilité de deux boucles du site actif du domaine GHKL a été étudiée par des simulations de dynamiques moléculaires en présence de différents ligands. Dans une dernière partie, une analyse des modes normaux du dimère du domaine N-terminal de 43 kDa a été entreprise.DNA gyrase is a vital bacterial enzyme necessary for the handling of the large DNA molecules in the living cell. Therefore DNA gyrase is an ideal target enzyme for anti-infectious compounds. In this work DNA gyrase has been studied by molecular modelling methods. A computational structure-based ligand design approach has been carried out on the N-terminal 24 kDa subdomain of DNA gyrase B (GHKL domain). To further examine the flexibility of two active site loops, molecular dynamics simulations have been carried out on the GHKL domain in different ligand binding conditions. In a final part, normal mode analysis has been carried out on the dimer of the 43 kDa domain of DNA gyrase B.STRASBOURG-Sc. et Techniques (674822102) / SudocSudocFranceF