Développements d'outils pour l'aide à l'identification dans les grandes banques de familles de gènes

Abstract

Le nombre de séquences génomiques disponibles augmente très vite du développement de méthodes de séquençage massif. La classification de ces séquences est nécessaire et permet l'étude de leurs relations évolutives. Des outils bioinformatiques automatisés sont indispensables pour effectuer ces opérations d'identification de façon précise et rapide. Nous avons développé HoSeqI (Homologous Sequence Identification), un système permettant d'automatiser l'identification de séquences dans de grandes banques de familles de gènes homologues. HoSeqI propose une interface accessible sur internet (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/HoSeqI/) afin d'identifier une séquence et de visualiser l'alignement et la phylogénie obtenus. Un autre programme, dérivé d'HoSeqI, a été implémenté pour l'ajout automatique de séquences génomiques aux banques de familles. Enfin, un travail sur l'identification automatique de séquences bactériennes d'ARN 16S et la détection de séquences chimères a été effectuéLYON1-BU.Sciences (692662101) / SudocSudocFranceF