Populations de Pseudomonas aeruginosa en milieux hydriques anthropisés (évidences de prédispositions naturelles et d adaptations génétiques)

Abstract

Des populations hydriques de la bactérie pathogène opportuniste Pseudomonas aeruginosa ont été étudiées dans l objectif de mieux comprendre leur écologie et leur dangerosité. Un crible PCR a été développé, en utilisant le gène ecfX codant un facteur sigma spécifique de l espèce P. aeruginosa, pour permettre sa détection en milieux complexes. Ce crible a permis d identifier les eaux usées de lagunes d épuration comme milieu abritant des populations significatives de P. aeruginosa. Ces populations ont montré une très grande diversité infra-spécifique, avec des clones dominants, mais également une certaine instabilité génomique pouvant favoriser l émergence de variants génétiques. Les séquences d insertion (IS) ont été identifiées comme une composante de cette instabilité. Elles ont inactivé le gène de régulation du quorum sensing lasR. Des souches de lagunes ont par ailleurs montré une parenté étroite avec des souches d infections communautaires du même secteur géographique, suggérant un danger pour la santé humaine. La présence de P. aeruginosa dans les eaux usées a conduit à une analyse de son portage rectal. Une étude en milieu hospitalier a permis de démontrer la transmission de souches rectales entre patients et vers un réseau d eau. Des clones dominants, pérennes, et résistants aux traitements chlorés ont été observés dans ce réseau. Aucune IS dans le gène lasR n a été observé pour ces souches. De façon générale, les milieux hydriques semblent exercer des pressions sélectives favorisant l émergence de nouvelles configurations génétiques ou de nouveaux phénotypes chez les populations de P. aeruginosaThe ecology and hazard of Pseudomonas aeruginosa waterborne populations were investigated. A PCR screening was developed for the detection of this bacterial species in complex biotopes, using the ecfX gene which is encoding a species-specific sigma factor. This screening revealed significant populations of P. aeruginosa in wastewater treatment lagoons (WWTL). These populations showed a high infra-specific diversity, with dominant clones, but some genomic instability leading to the emergence of genetic variants. Insertion sequences (IS) were identified as a component of this instability, and found to be involved in the insertional mutation of the lasR quorum sensing genetic regulator. Some WWTL strains were shown to be close relatives of community-acquired clinical strains collected from the same geographical area, suggesting that they represent a human health hazard. The presence of P. aeruginosa in wastewaters led us to analyze its rectal carriage. A study in a hospital unit highlighted the transmission of rectal strains between patients and toward a water supply network. Some dominant, perennial, and hypochlorite resistant clones were observed in this water network. Insertional mutations in lasR were not observed among these hospital isolates. Generally speaking, water environments appeared to exert selective pressures on P. aeruginosa populations leading to the emergence of novel genetic configurations or distinct phenotypesLYON1-BU.Sciences (692662101) / SudocSudocFranceF