Campylobacter chez le porc (méthodes d identification quantitative et dynamique d infection)

Abstract

L objectif de ces travaux est de produire des méthodes et des connaissances permettant d étudier le portage de Campylobacter en élevage porcin. Des techniques de PCR quantitative en temps réel rapides et fiables ont été mises au point pour la quantification de Campylobacter spp., C. coli et C. jejuni. dans les matières fécales ou les prélèvements environnementaux. Des porcs EOPS âgés de sept semaines ont été inoculés expérimentalement avec plusieurs souches de Campylobacter d origine différente, seules ou en association. Cette infection expérimentale a permis de souligner les grandes tendances décrites dans la littérature (portage asymptomatique, niveaux d excrétion élevés et légère baisse des quantités excrétées en fin d engraissement) et de mettre en évidence une intermittence de l excrétion, une une transmission rapide à distance aux animaux des cases adjacentes et l existence d une interaction spécifique hôte/espèce. Elle a également permis de calibrer deux méthodes de typage, la macrorestriction génomique en champ pulsé et la PCR-RFLP sur le gène flaA et d établir un seuil de similarité entre souches. Une variabilité génomique in vivo dans l animal a été mise en évidence avec un effet souche marqué (seul C. coli d origine porcine a varié). La dernière étape était l application de ces méthodes lors d enquêtes en élevage naisseur-engraisseur pour décrire la contamination de l environnement et la dynamique d infection des Campylobacter en élevage porcin. Notre étude souligne le rôle de la truie comme source de contamination mais l environnement est un élément possible de transmission des Campylobacter entre les animaux à considérer.This work aimed at providing new methods and knowledge to study the carriage of Campylobacter in conventional pig herds. Campylobacter specific real-time PCR assays developed in this study allow a direct and reliable quantification of Campylobacter spp, Campylobacter coli and Campylobacter jejuni in complex substrates like faeces or environmental samples due to the presence of an internal control of DNA extraction and PCR amplification. To study excretion in controlled condition, we inoculated three different Campylobacter strains to specific pathogen-free pigs. Our results confirmed an asymptomatic carriage and a high excretion There is a transmission between inoculated and contact pigs, which are Campylobacter-free at the beginning of the study and which live in the same experimental unit. The results suggest a specific interaction between the Campylobacter species and the host. Moreover, this experimental infection allowed to calibrate two molecular typing methods, namely RFLP-PFGE and flaA PCR-RFLP. Variability was evidenced only in pigs inoculated with C. coli of porcine origin, either alone or in the mix, or in sham inoculated pigs neighbouring the latter. A discrimination threshold was established with the two methods. Finally, to describe Campylobacter infection in commercial pig herds, faecal shedding as well as contamination of pens (either empty or with animals), feed and water were monitored from birth to finishing for pigs, and during one production cycle for sows. Our study underlines the role of the sows as a Campylobacter contamination source for their piglets and the role of the environment in the transmission of Campylobacter between animalsRENNES1-BU Sciences Philo (352382102) / SudocSudocFranceF