Génomique comparée et développement de nouveaux outils bioinformatiques permettant l'analyse de la diversité métabolique des Eumycota

Abstract

Bien que les Eumycota soient étudiés depuis de nombreuses années, les raisons de leur diversité métabolique restent à ce jour largement inexpliquées. Afin d'étudier cette diversité, j'ai commencé par identifier les protéines orthologues d'une cinquantaine d'espèces en utilisant une approche innovante qui tient compte des résultats prédits par différentes méthodes. Les groupes d' orthologues ont ensuite été annotés et les fonctions enzymatiques ont été reportées sur des voies métaboliques de référence. Afin de pouvoir visualiser facilement la conservation d'une voie métabolique donnée, j'ai développé un outil, FUNGIpath (www.fungipath.u-psud.fr). En analysant la conservation des différentes voies métaboliques de KEGG, j'ai essayé de comprendre comment le métabolisme fongique a pu évoluer et se diversifier au cours de l'évolution. A coté d'un petit nombre de voies métaboliques très bien conservées, l'analyse semble indiquer une moindre conservation et une plus grande diversité pour un grand nombre de ces voies. Étonnement, cette diversification ne semble être en accord ni avec la phylogénie, ni avec les milieux ou les modes de vie des champignons étudiés ici.Even if the Eumycota have been studied since a long time, the origin of their metabolic diversity are still unknown. ln order to better understand this diversity, 1 begun to identify orthologous genes in about fifty fungal genomes. To predict orthologous groups, 1 used an innovative approach which takes into account the results predicted by different methods. Then, the orthologous groups were annotated and the enzymatic activities were mapped to known metabolic pathways. These results were integrated in a database and 1 developed a new tool, FUNGIpath (www.fungipath.u-psud.fr). which allows to visualize the level of conservation of metabolic pathways. During the analysis of the KEGG pathways, 1 tried to understand how the fungal metabolism evolved during the Evolution. Apart from a small number of highly conserved metabolisms, the results show a lower conservation and a wide diversity for a lot of pathways. Surprisingly, this diversity doesn't seem to agree with the phylogeny, the lifestyle or the habitat of the studied Fungi.ORSAY-PARIS 11-BU Sciences (914712101) / SudocPARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF