Le microbiote intestinal du nouveau-né prématuré (le genre Clostridium et l'espèce Clostridium butyricum)

Abstract

Chez le nouveau-né prématuré l implantation du microbiote intestinal est considérée comme anormale, avec un retard d implantation des bactéries anaérobies, en particulier des bifidobactéries. Concernant la colonisation intestinale par le genre Clostridium les données sont rares, alors que ce genre est impliqué dans des pathologies digestives, notamment l entérocolite ulcéro-nécrosante (ECUN), première urgence gastro-intestinale chez le prématuré. Ce travail de thèse a eu deux objectifs : (1) étudier les espèces de Clostridium s implantant au niveau intestinal chez les nouveau-nés prématurés, et identifier les facteurs périnataux influençant la colonisation ; et (2) réaliser une étude fondamentale sur l espèce butyricum fréquemment impliquée dans l ECUN. Nous avons mis en évidence que les espèces C. perfringens, C. difficile, C. butyricum et C. paraputrificum font parties du microbiote intestinal du nouveau-né prématuré sain. Les souches colonisatrices sont sensibles aux antibiotiques anti-anaérobies (excepté C. difficile). Les antibiothérapies périnatale et néonatale influencent les niveaux de colonisation des clostridies. Le facteur majeur influençant la colonisation des Clostridium est le centre hospitalier, suggérant l importance de la colonisation à partir de l environnement. La comparaison différentielle des profils protéiques cytosoliques de souches de C. butyricum isolées de prématurés ayant développé ou non une pathologie de type ECUN et de la souche de référence VPI3266 a permis de mettre en évidence des différences au niveau métabolique. L existence d un lien entre les différences observées et des caractéristiques de virulence dans le cadre de l ECUN reste à démontrer.In the preterm neonates, the establishment of the intestinal microbiota is known to be abnormal, with a delay in the strictly anaerobic bacteria establishment, especially for bifidobacteria. As far as clostridia are concerned, data on their intestinal colonization neonates are scarce, although this genus is involved in gastrointestinal diseases, in particular in necrotizing enterocolitis (NEC), the main gastrointestinal emergency in premature neonates. This work aimed at (1) analyzing Clostridium species establishment in the gut of preterm neonates and identifying perinatal factors influencing this colonization, and (2) performing a basic study on the species C. butyricum commonly involved in NEC. We have shown that the species C. perfringens, C. difficile, C. butyricum and C. paraputrificum are part of the intestinal microbiota of healthy preterm neonates. Colonizing strains were sensitive to anti-anaerobic antibiotics (except C. difficile). The perinatal and neonatal antibiotic courses had influence on clostridial colonization levels. The major factor influencing the colonization was the hospital, suggesting the importance of the colonization from the environment. The comparison of the cytosolic protein profiles between C. butyricum strains isolated from premature neonates who developed or not a NEC and the reference strain VPI3266 highlighted differences in the metabolism. A link between the observed differences and virulence characteristics of the strains in terms of NEC onset remains to be demonstratedPARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF