Analyse des altérations structurales du génome dans la Leucémie Lymphoïde Chronique (apport de l hybridation génomique comparative sur puces à ADN (CGH array))

Abstract

La leucémie Lymphoïde Chronique (LLC) est la plus fréquente des hémopathies occidentales. Les anomalies génétiques détectées par la technique d hybridation in situ par fluorescence (FISH) ont une valeur pronostique bien établie. Dans ce travail, j ai étudié les anomalies génétiques de la LLC à l aide de plusieurs techniques. La FISH a été la méthode la plus sensible pour détecter la présence d une délétion dans la région 13q14, ciblée sur le marqueur D13S319, dans 54% des cas d une cohorte de 314 patients. La représentativité du clone variait de 7 à 90% ; le plus souvent monoallélique, la délétion portait sur les 2 allèles dans 9% des cas et des délétions mono- et bi-alléliques coexistaient dans 15% des cas. Nous avons réalisé une étude en Hybridation Génomique Comparative sur micro-puces recouvertes d oligonucléotides (CGH-a) qui permet de quantifier les copies d un gène sur l ADN de patients par rapport à un témoin. Nous avons ainsi observé une grande variation de la taille de la délétion allant d une région minimale, restreinte à une zone appelée BCMS comprenant les MicroARN 15 et 16, à une grande région de 60 M bases couvrant une zone allant du gène du Rétinoblastome à celui de la protocadherine. La CGH nous a également permis dans 3 cas, de mettre en évidence une délétion sur le chromosome 14, impliquant notamment le gène codant les immunoglobulines. Nous avons identifié un gène de fusion impliquant un nouveau partenaire : ZFP36L1 membre de la famille des tristétraprolines facteurs régulateurs de la transcription. Le rôle fonctionnel de ce nouveau transcrit dans la leucémogenèse est en cours d étude.B-cell chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most frequent leukemia in western countries. Genomic abnormalities detected by Fluorescence in situ hybridization (FISH) are emerging prognostic indicators important in CLL. These ones are observed in about 80% of CLL patients and have been associated to defined subgroups with different clinical outcomes. In this project, different techniques have been performed aiming at the identification of new genetic abnormalities in CLL. FISH was the most sensitive one, identifying deletion del13q14 in 54% of 314 patients with a restriction to the D13S319 marker. We showed that the del13q deletion was heterogeneous and the clonality of the deletion was highly variable, ranging from 7 to 90 %, monoallelic in most cases but biallelic in 9.5% and concomitantly mono and bi-allelic in 15% of the cases.We also used Comparative Genomic Hybridization performed on DNA array (CGH-a) that measured differences in DNA copy number between patients and reference genomes. We observed variable sizes of deletion ranging from a Minimal deleted region (BCMS) including microRNAs 15 /16 to a very large region of 60 Mb, including RB1 or protocadherin in the opposite sides. CGH-array allowed to detect a deletion del14q in 3 cases, with a fusion between Immunoglobulin gene and a new partner that we identified as ZFP36L1 a member of the tris tetrapolin family of proteins involved in mRNA decay. The functional role of this new fusion gene in leukemogenesis is currently under study.PARIS13-BU Sciences (930792102) / SudocSudocFranceF