Vuonna 2003 julkaistun Järvilohistrategian toimenpiteiden avulla on pyritty parantamaan järvilohikannan tilaa. Tämä järvilohen hoito-ohjelma korvaa järvilohistrategian toimenpideosan ja päivittää keskeiset kannan hoitoon liittyvät taustatiedot.
Järvilohi on määritelty vuoden 2010 Suomen uhanalaisten lajien punaisessa kirjassa äärimmäisen uhanalaiseksi yhdessä meritaimenen, meriharjuksen ja Saimaan nieriän kanssa. Pitkän aikavälin tavoitteena on järvilohen palautuminen vähitellen luontaisen elinkierron piiriin, vesiviljelyn sekä istutusten osuutta samalla pienentäen. Nykytilanteessa vesiviljelyn rooli on kuitenkin vielä hyvin tärkeä.
Järvilohen perinnöllisestä monimuotoisuudesta on syytä olla huolissaan. Perinnöllinen monimuotoisuus on tutkimuksin osoitettu heikoksi ja tutkimushavainnot mm. viittaavat järvilohen poikasen heikkoon kilpailukykyyn tilanteessa, jossa samasta elinalueesta on kilpailemassa samanikäisiä järvitaimenen poikasia.
Järvilohi-istutukset eivät vielä vastaa asetettua 100 000 vaelluspoikasen tavoitetta. Järvilohistrategian julkaisua edeltävänä kahdeksana vuonna istutettiin keskimäärin 87 200 vaelluspoikasta vuosittain Pielisjokeen, mutta strategian julkaisusta lähtien istukasmäärä on jäänyt keskimäärin 69 200 vaelluspoikaseen vuodessa.
Istutusmäärän aleneminen johtuu pääasiassa viljelylaitosten huonoista poikasvuosista, jolloin poikasia oli käytettävissä tavallista vähemmän. Myöskään emokalamäärätavoite, 100 emokalaa vuosittain Pielisjoesta, ei ole toteutunut. Keskimääräinen emokalamäärä on kuitenkin noussut 36:sta 49:ään edellä mainittuina ajankohtina. Tilannetta yritetään jatkossa korjata myös rasvaeväleikkausmenetelmän avulla.
Rasvaeväleikatut kalat on tarkoitettu kalastettaviksi, mutta rasvaevälliset kalat on vapautettava takaisin vesistöön. Tavoitteena on nostaa järvilohen alamitta 60 senttimetriin koko järvilohen elinalueella. Järvilohen suojelun kannalta tarpeellisia kalastusrajoituksia on asetettu vaihtelevasti eri puolilla järvilohen elinaluetta, mutta toimenpiteet eivät ole kattavia eivätkä riittäviä.
Kalastusoloja edistetään lähivuosina erillisen ´Saimaan lohikalojen kestävän kalastuksen edistäminen´ -hankkeen (LIFE+/ Tiedotus ja Viestintä) Saimaan järvilohen hoito-ohjelma | 23 sekä SVK:n ja Etelä-Savon ELY-keskuksen kestävää kalastusta edistävien hankkeiden avulla. Lisäapua kalastuskuolevuuden alentamiseen on saatu norpparajoituksista. Kalastuksen sopeuttaminen, ottaen huomioon kalastuskulttuuri, jolle on tyypillistä monien eri lajien yhtäaikainen ja monimuotoinen kalastus sekä päätöksentekojärjestelmän monitasoisuus, on tehtävänä hyvin haasteellinen.
Muutoshakemus Ala-Koitajoen virtaamaan lisäämisestä on edennyt myönteisesti yhdessä Kaltimon ja Kuurnan voimalaitosten kalatalousvelvoitteiden muutoshakemusten kanssa, mutta lopullisia ratkaisuja ei vielä ole saatu. Kaikki kolme hakemusasiaa ovat parhaillaan Korkeimman hallinto-oikeuden käsittelyssä.
Ohjelma kattaa yhteensä 34 seitsemään osakokonaisuuteen jaettua toimenpidettä perusteluineen. Osa toimenpiteistä on jo osittain toteutettu, osa jäänyt toteutumatta ja osa on kokonaan uusia.
Toimenpiteitä ei kalastuksen osalta pystytä kaikilta osin tässä ohjelmassa määrittelemään aivan tarkkaan, vaan ne on paikallisesti sovitettava, ottaen huomioon jo olemassa olevat rajoitukset, kalastusolosuhteet ym. asiaan vaikuttavat tekijät. Täydentävien sekä vaihtoehtoisten toimenpiteiden käyttöä tulee harkita mm. silloin, jos perustoimenpiteiden avulla ei pystytä saavuttamaan hoito-ohjelmalle asetettuja keskeisiä tavoitteita. Lieksanjoen – Pielisen alueella, ja mahdollisesti muilla erikseen päätettävillä alueilla, sovelletaan kaikkia tämän ohjelman toimenpiteitä siten, kuin siitä eri tahoilla erikseen neuvotellaan ja mahdollisesti tilanteen niin vaatiessa sovitaan