La microestructura dels aliments està directament afectada pels canvis químics i bioquímics soferts a través del seu processament, i d'aquesta depenen, majoritàriament, les propietats finals, buscades o indesitjables, de l'aliment elaborat. La microscòpia és la principal eina en l'elucidació de les microestructures dels aliments. S'estudien les característiques dels aliments d'origen animal, com ara la carn, el peix, els làctics i els ous. També es descriuen les microestructures dels aliments d'origen vegetal, com ara els cereals, els llegums, les oleaginoses, els fruits secs, les fruites i les verdures
