Querying scientific databases considering the historic evolution of data

Abstract

117 σ.Σκοπός της εργασίας ήταν η ανάπτυξη μιας εφαρμογής προβολής των αλλαγών που αφορούν τα δεδομένα που καταγράφονται για βιομόρια micro RNA. Η εφαρμογή ενσωματώνεται ως επέκταση σε λογισμικό που διατίθεται από την ιστοσελίδα DIANA, η οποία αναπτύχθηκε σε συνεργασία με το ερευνητικό κέντρο «Αλέξανδρος Φλέμινγκ». Τα μόρια micro RNA αποτελούν ένα σημαντικό τομέα έρευνας της βιολογίας, καθώς σχετίζονται με την έκφραση γονιδίων και συνεπώς ευθύνονται για την εκδήλωση ασθενειών. Καθώς εμπλουτίζονται τα δεδομένα που προκύπτουν από την έρευνα γύρω από τα μόρια αυτά, εκδίδονται νέες εκδόσεις των βάσεων δεδομένων που τα καταγράφουν. Από έκδοση σε έκδοση των βάσεων αυτών, ενδέχεται να παρουσιάζονται αλλαγές στα δεδομένα αυτά. Το αποτέλεσμα είναι η παρουσίαση δυσκολιών στην έρευνα, καθώς ο ερευνητής δεν μπορεί να έχει τη συνολική εικόνα για τη γνώση που υπάρχει γύρω από ένα συγκεκριμένο μόριο micro RNA. Στα πλαίσια της διπλωματικής (α) κατασκευάστηκε μια βάση δεδομένων που κωδικοποιεί όλη την εξέλιξη των δεδομένων για τα micro RNAs που καταγράφονται από την βάση mirbase (www.mirbase.org) και (β) υλοποιήθηκε μια διαδικτυακή εφαρμογή που προβάλλει τους γράφους εξέλιξης των δεδομένων για micro RNAs από έκδοση σε έκδοση, κάνοντας χρήση της παραπάνω βάσης.The aim of this thesis is to implement a web application for presenting changes recorded in multiple versions of microRNA databanks. The application has been integrated into the DIANA web application toolkit, which is a set of tools for analyzing microRNA data, and has been developed in cooperation with the research center “Alexander Fleming”. MicroRNA molecules constitute an important branch of biological research, since their function is correlated with gene expression, and thus, microRNAs are related to diseases and treatments. As new data emerges from research concerning these biological molecules, new versions of databases recording them are issued. It is possible that recorded data differs between various versions of these databases. As a result, there can be difficulties in research, since a researcher cannot have a complete overview of all recorded knowledge concerning a specific microRNA. The aim of this thesis is (i) to implement a database containing information about the evolution of microRNA data recorded in the mirbase archives (www.mirbase.org) and (ii) to implement a web application that presents evolution graphs for recorded microRNA data.Ηλίας Ι. Κανέλλο