Characterization and frequency of a newly identified HIV-1 BF1 intersubtype circulating recombinant form in São Paulo,Brazil

Abstract

Formas recombinantes circulantes (CRFs) do HIV desempenham um importante papel na epidemia global e regional do HIV, principalmente em regioes onde diversos subtipos estao circulando. Atualmente 5 CRFs estao em circulacao no Brasil. Nesse artigo, nos reportamos a caracterizacao do genoma semicompleto (NFLGs) de 6 recombinantes intersubtipos HIV-1 BF1 filogeneticamente relacionados (5 desse estudo e 1 de outra sequencia publicada). Inicialmente, nos selecionamos 36 amostras de 888 pacientes adultos, residentes em São Paulo que haviam sido previamente diagnosticados como sendo infectado com o HIV-1 subtipo F1 baseado no sequenciamento do fragmento subgenomico pol. O DNA pro-viral integrado as celulas mononucleares do sangue periferico (PBMC) dessas 36 amostras foi amplificado por PCR de sobreposicao com 5 fragmentos, seguido pelo sequenciamento direto. Foram obtidos dados das sequencias apenas dos 5 fragmentos que mostraram estrutura genomica identica. Alem disso, foram construidas arvores filogeneticas, comparando nossas sequencias com sequencias previamente publicadas. Como resultados, obtivemos que das 36 amostras analisadas, apenas 6 sequencias, inferidas como subtipo F1 pela analise da regiao pol, mostraram estrutura genomica identica BF1, com um unico breakpoint identificado na sobreposicao nef-U3 (posicao 9347-9365 no HXB2; regiao LTR). Cinco desses isolados formaram um grupo coeso na arvore filogenetica de diferentes fragmentos do subtipo F1, os quais nos podemos agora designar como CRF46_BF1. Estimamos que a nova CRF representa 0,56% das cepas de HIV-1 circulantes 40 em São Paulo. Comparando com sequencias previamente publicadas observamos que mais 5 isolados compartilham uma estrutura de recombinacao identica a reportada em nosso estudo. Apesar de compartilharem uma estrutura recombinante similar, apenas 1 sequencia parece ser originaria da mesma CRF46_BF1 ancestral. Concluindo, nos identificamos uma nova CRF com um unico breakpoint intersubtipo na regiao de sobreposicao nef-U3 a qual foi designada CRF48_BF1. Dada a importancia biologica da regiao LTR U3, podemos inferir que recombinacoes intersubtipos nessas regioes devem desempenhar um importante papel na evolucao do HIV, gerando, concomitantemente, consequencias criticas para o desenvolvimento de vacinas geneticas eficientesBV UNIFESP: Teses e dissertaçõe