Fish habitat modelling results are strongly influenced by velocity and depth patterns as well as by morphological parameters of the riverbed (i.e., substrate and refuge cover). Studies regarding the use of substrate in habitat modelling are well represented in the literature, whereas the use of cover in such models is commonly neglected because it is difficult to quantify the refuges or the instream areas where fish can hide from predators. However, there is clear evidence that fish habitat use and preferences are associated with refuge cover. Ignoring this variable can lead to incorrect restoration and flow management decisions based on misleading results. To avoid this, river restoration goals should only be set with reference to habitat conditions found at undisturbed sites rather than with the aim of improving habitat heterogeneity. The aim of this study is to compare the habitat availability for two cyprinid fishes, the Southwestern arched-mouth nase (Iberochondrostoma almacai) and the Arade chub (Squalius aradensis), at undisturbed (i.e., near-natural state) and disturbed sites (i.e., sites impacted by agricultural activities that have led to nutrient enrichment, destruction of riparian woodlands, straightening of the river channel and water abstraction). This is done by alternately considering substrate or refuge cover in a weighted usable area (WUA) determination to understand the interactive effects of these morphological variables as well as their influence on habitat availability. Different outcomes were generated by the use of refuge cover and substrate in habitat simulation. The results underline the importance of considering refuge cover in habitat models and also point to the need to take into account minimally disturbed or undisturbed sites within the same river upon developing future management actions.Los resultados de la modelación de hábitats piscícolas están fuertemente influenciados por la velocidad y los patrones de profundidad, así como por los parámetros morfológicos (i.e. substrato y cobertura de refugio) del lecho del río. Estudios sobre el uso de sustrato en la modelización del hábitat están bien descritos en la literatura, mientras que el uso de la cobertura es frecuentemente omitida, ya que es difícil de cuantificar el refugio o las zonas donde los peces se pueden abrigar y ocultar de los predadores. Sin embargo, hay pruebas claras de que el uso y las preferencias de los peces también están asociados con la cobertura de refugio. Ignorando esta variable puede conducir a decisiones de restauración fluvial y de gesti'on de los recursos hídricos apoyados en resultados engañosos. Para evitar eso, los objetivos de la restauración fluvial se debían establecer con referencia a las condiciones de habitat que se pueden encontrar en trechos de río no alterados, en lugar de mejorar la heterogeneidad del hábitat. El objetivo de este estudio es comparar la disponibilidad de hábitat para dos peces ciprínido, el boga del Sudoeste (Iberochondrostoma almacai) y el cacho del Arade (Squalius aradensis) en trechos de río no perturbados (i.e. próximo del natural) y perturbados (i.e. perturbados por actividades agricolas que llevan a un enriquecimiento de nutrientes, destrucción de la mata riparia, enderezamiento del cauce y abstracción de agua). Esto es hecho considerando alternativamente o sustrato o la cobertura de refugio en la determinación del weighted usable area (WUA) a fin de dar a conocer los efectos interactivos de las variables morfológicas, así como su influencia en la disponibilidad de hábitat. Diferentes respuestas fueran encontradas con el uso posterior de la cobertura de refugio y el sustrato en la simulación del hábitat. Los resultados exponen la importancia de considerar la cobertura de refugio en los modelos de hábitat y adem'as apuntan la necesidad de tener en cuenta sitios mínimamente alterados o no perturbados de un mismo río para el desarrollo de futuras acciones de gestión fluvial
