Los pigmentos vegetales han sido usados como bioindicadores de la presencia de organismos fototrópicos en ríos, estuarios y sedimentos marinos actuales y en estudios paleolimnológicos. En el sedimento del estuario río Palmones (Bahía de Algeciras, Sur de España) se ha estudiado las concentraciones de clorofila a y luteína, el índice C/N y el contenido en materia orgánica. Utilizando la concentración de estos dos pigmentos en diferentes profundidades así como el índice de sedimentación(determinado por Rubio et al. En 2003 por el método del 210Pb), se ha determinado el índice de degradación de la luteína y clorofila a en la marisma. La permanencia de la luteína en el sedimento es mayor que la de la clorofila a. Según estos resultados se ha podido discriminar las fuentes de materia orgánicaPlant pigments have been used as biomarkers of the presence of phototrophic organisms in rivers, estuaries and sea sediments in present and in paleolimnological studies. Chlorophyll a and lutein concentration, C/N ratio and organic matter content have been studied in the sediment of the Palmones River estuary (Algeciras Bay, Southern Spain). Using the concentration of these two pigments at different depths, as well as the sedimentation rate (determined by Rubio et al. in 2003 by means of the 210Pb method), lutein and chlorophyll a degradation rate has been determined, in the saltmarsh. Lutein persistence in the sediment was higher than the persistence of chlorophyll a. According to these results, it was possible to discriminate the organic matter source