Como la parte visible de un iceberg, algunas de las inquietudes teológicas de Newton aparecen en su obra publicada, en el Escolio general de la segunda edición de los Principia y sobre todo en las 31 cuestiones de la segunda edición inglesa de la Óptica (1717), que remiten a las limitaciones del mecanicismo cartesiano, a consideraciones alquímicas y atomísticas, a las vinculaciones entre la filosofía natural y la filosofía moral, a la relación de Dios con el hombre y el mundo
