Rapporten beskriver miljøkvaliteten i kystområdene av Sør-Norge i perioden 1990-1999, med spesiell fokus på tilstand og utvikling i næringssalttilførsler, vannkvalitet og det biologiske mangfoldet i plankton-, bløt- og hardbunnssamfunn i Skagerrak. Virkninger av næringssalter på biologien, spesielt i bløt- og hardbunnssamfunn er vurdert. Klimaet i perioden har vært preget av unormalt milde vintre med høy frekvens av sørlige vinder. I 1994 og 1995 var det flomepisoder som tilførte kystvannet i Skagerrak store mengder nitrogen og fosfor. Norske antropogene utslipp av fosfor og nitrogen er i forhold til 1985 redusert med henholdsvis 53% og 29%, men dette overskygges av avrenning fra land (inkl. elver). Generelt klassifiseres vannkvaliteten som gode, etter SFTs klassifiseringssystem for miljøkvalitet med hensyn til næringssalter. Tettheten av bløtbunnsfauna fluktuerte i takt med konsentrasjonene av nitrogen, organisk karbon og ferskvann i vannmassene. I tillegg var faunaen bestemt av dyp, geografisk beliggenhet og sedimentforhold. Flora og fauna på hardbunn i den ytre skjærgården av Sør-Norge, tilhører 3 biogeografiske regioner: Skagerrak, Sørvestlandet og Vestlandet, hvor Skagerrak har signifikante færre arter enn de sør-vestlige og vestlige områder. Tilstanden langs den ytre kyst fra Larvik (Svenner fyr) og vestover, karakteriseres generelt som god. Lokalitetene i ytre Oslofjord var artsfattige og av redusert kvalitet
