Undersøkelser av oksygeninnhold, hardbunnsorganismer og bløtbunnsfauna ble gjennomført i Tvedestrandsfjorden og Oksefjorden i 1996 og 1997 for å kartlegge dagens tilstand. Oksygen, temperatur og saltholdighet ble målt fire ganger på tre stasjoner i løpet av høsten 1996. Hardbunnsorganismer i strandsonen (0-1 meters dyp) ble registrert på 9 stasjoner fra innerst til ytterst i fjorden, mens bløtbunnsfauna ble samlet fra 5 stasjoner med en 0,1 m² van Veen grabb. Undersøkelsene viste at indre del av fjorden hadde meget dårlig tilstand i dypvannet (klasse V), med høyt innhold av hydrogensulfid og livløse bunnsedimenter. Utskiftning av bassengvannet skjer trolig med 2-3 års mellomrom. Tilstanden i ytre del av fjorden var bedre, men bunnvannet hadde også her lave oksygenkonsentrasjoner (tilstandsklasse mindre god -dårlig) og mye organisk materiale (tilstandsklasse meget dårlig). Oksygeninnholdet ved Bota synes å være noe redusert fra forrige undersøkelse. Algevegetasjonen i strandsonen var i indre deler av fjorden preget av mange hurtigvoksende arter som stimuleres av stor næringstilgang. I de ytre deler av fjorden var algevegetasjonen frisk, men også her var der forholdsvis mange påvekstalger som kan tyde på gode næringsforhold
