I perioden 1990-1991 er det utført vannkjemiske og bakteriologiske undersøkelser på 17 stasjoner i Tanavassdraget. Det er registrert sterk bakteriologisk forurensning nedstrøms Karasjok. Øvrige deler av vassdraget varierer fra lite til markert forurenset. Økningen av fosforkonsentrasjonen grunnet sivilisatorisk påvirkning er relativt liten (1 til 2 µg/l). Nedbørfeltet får betydelige mengder sur nedbør, og vannets innhold av sulfat har økt med ca. 20 µekv/l de siste 20 årene. I samme periode er senvinterverdiene av nitrat omtrent fordoblet. På grunn av høy motstandskraft mot forsuring er det allikevel ikke fare for forsuringseffekter i hovedvassdraget ved den nåværende belastning. Svoveldeposisjonen må øke med 50% før tålegrensen overskrides i 10% av nedbørfeltet
