Den organiske belastningen på Vestfjordens dypvann har avtatt etter hvert som rensetiltak er blitt gjennomført og ligger nå omtrent på samme nivå som på 1950-tallet. Dette har medført at også oksygenforholdene har blitt bedre siden begynnelsen av 1980-tallet. I Bunnefjorden har oksygenforholdene mellom 20-60 meters dyp blitt bedre siden 2001, mens det til nå ikke har skjedd noen større forandring i dypvannet. Dypvannsfornyelsen i indre Oslofjord i 2009 var omtrent normal, men berørte ikke Bunnefjordens dypvann. Overflateobservasjonene av næringssalter og særlig siktdyp sommeren 2009 viste en forverring i forhold til 2008. Total planteplanktonbiomasse gjennom hele vekstsesongen viste en økende tendens i perioden 2006-2008, men avtok igjen i 2009. Beregnet over hele året var imidlertid den totale algebiomassen 12 % høyere i 2009 enn i 2008. Det ble i 2009 observert en transport av blågrønnalger fra Årungen til Bunnefjorden. Blågrønnalgene var imidlertid ikke giftige slik som i 2007. Det var relativt gode forekomster av reker på dypt vann i Lysakerfjorden i 2009, mens det sammenlignet med 2000-2008 var et tilnærmet normalt år på de øvrige stasjoner med unntak av Gråøyrenna som hadde relativt få reker. Undersøkelser ved bruk av sedimentprofilfotografering (SPI) viste dårligere forhold for bunnfaunaen med økende vanndyp, med en tydelig grense mot dårligere forhold ved 50-60 m i Bunnefjorden, ved ca. 50 m dyp i Bekkelagsbassenget og 20-25 m dyp i Havnebassenget. Det var i hovedsak gode forhold for bunnfauna i alle dyp i Vestfjorden med unntak av enkelte randområder. Indre Oslofjord er et viktig gyteområde for torsk. Det ble observert en større påvirkning fra tjærestoffer på torsk fra indre fjord sammenlignet med torsk innsamlet i ytre. Når det gjelder metaller (sink, kobber, kobolt og bly) ser det imidlertid ikke ut som det er noen signifikant forskjell i eksponering mellom de to fjordområdene
