I 1995 ble det utført vannkjemiske og bakteriologiske undersøkelser på 7 lokaliteter i Tanavassdraget. Frem til 1992 ble det registrert betydelig til sterk bakteriologisk forurensning nedstrøms Karasjok. Fra 1993 ble de hygieniske forholdene betydelig forbedret grunnet det nye renseanlegget i Karasjok. I 1995 var forurensningen av fekale koliforme bakterier nedstrøms Karasjok og ved Tana Bru noe høyere enn i 1994. I 1995 var det ingen påviselig økning av fosforkonsentrasjonen nedstrøms Karasjok. I nedre deler av vassdraget øker fosforkonsentrasjonen med ca. 2 µg/l, hovedsakelig på grunn av økt partikkeltransport (erosjon). Vassdraget som helhet er lite til moderat påvirket av forurensninger
