Biodiversity is in constant threat due to rapid changes caused by anthropogenic impact in
the world landscape. In this scenario, understanding the taxonomic composition is essential to
promote appropriate delimitation of species to be evaluated for their extinction risk and
protection. Animals of the big fauna are prone to taxonomic problems, due to the lack of
materials in scientific collections and sampling difficulties. Large mammals are included, where
many groups still carry many uncertainties, such as the West Indian manatees. Recent studies
have shown a sum of genetic, morphological, and chromosomal evidence that suggests a new
biological unit for the Brazilian Antillean manatee population, possibly a new species. However,
a genomic approach is needed to provide more data about these recent changes in the family
Trichechidae. This study aimed to sequence and characterizing the first whole mitochondrial
genome for the Brazilian Antillean manatee ( Trichechus manatus manatus) , with intra and
interspecific comparisons. Blood samples were collected from released and captive animals of
northeast Brazil. DNA extraction, a novel set of primers for mitogenome isolation of Sirenians,
and Next Generation Sequencing were carried out to obtain sequences from 24 samples.
Bioinformatics was used to analysis of quality control, assembling, intra and interspecific genetic
distances, and to define genetic profiles. A total of 3,859,650 raw sequencing reads were
generated, where 18 mitogenomes were obtained with a mean coverage of 150x. The
mitogenome presented 16882 bp length with 13 protein-coding genes, 18 tRNAs, 2 sRNAs, and
one control region. Eight different genetic profiles were found. The distance between Antillean
manatees from Brazil and manatees from Florida was ten folded larger than between manatees
from Florida and T. inunguis. Provided there are no sampled mislabeling of hybrids, the
mitogenomic intraspecific distances bring enough evidence to suggest the elevation of the
taxonomic level of the Brazilian Antillean manatee population to a new biological unit. Also,
interspecific findings bring to a necessity of a taxonomic review, not just for the West Indian
manatee, but for the genus Trichechus .Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESNational Geographic SocietyAnimais da big fauna enfrentam diversos problemas taxonômicos devido a fatores como
a falta de materiais em coleções científicas ou até dificuldades em amostragens. Os grandes
mamíferos estão inclusos, onde muitos grupos ainda possuem incertezas taxonômicas, como os
peixes-boi das Índias Ocidentais. Estudos recentes trazem diferenças genéticas, morfológicas e
cromossomais que indicam uma possível nova unidade biológica para a população brasileira de
peixes-boi marinhos, como uma nova espécie. Porém, uma abordagem genômica é necessária
para um melhor espectro das distâncias genéticas e estruturação das populações destes animais.
Neste sentido, este estudo buscou sequenciar e caracterizar o primeiro genoma mitocondrial para
o peixe-boi marinho do Brasil ( Trichechus manatus manatus), com comparações intra e
interespecíficas. Amostras de sangue foram coletadas de animais de vida livre e em cativeiro no
Nordeste do Brasil. Extração de DNA, uma nova técnica de isolamento do genoma mitocondrial
para Sirênios e Sequenciamento de Nova Geração (NGS) foram realizadas para obtenção de
sequências para 24 amostras. Processos bioinformáticos foram utilizados para análises de
controle de qualidade, montagem e comparações intra e interespecíficas. Ao todo foram
3.859.650 sequências cruas geradas, no qual 18 mitogenomas completos com uma cobertura
média de 150x foram obtidos. O mitogenoma é composto por 13 genes codificadores de
proteína, 18 tRNAS, 2 sRNAs e uma região controle, somando um tamanho total de 16882 pb.
Análises de distância trazem uma divergência maior entre os peixes-boi marinho do Brasil e da
Flórida, do que entre os animais Amazônicos e da Flórida. Levando em consideração correta
identificação taxonômica das amostras, os resultados sugerem uma elevação do nível
taxonômico da população de peixes-boi marinhos brasileira para uma nova espécie. Ainda,
sugerem uma necessidade de revisão taxonômica, não só dentro de T. manatus, mas em todo o
gênero Trichechus
