Entendendo o processo de autoavaliação como um dos componentes chave do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior – SINAES, objetiva-se com este artigo identificar e discutir os entraves que dificultam a sua execução no contexto IES. O suporte teórico adotado neste trabalho refere-se ao conceito de gestão em IES, na teoria estratégica em organizações e sistemas complexos. A revisão da literatura apresenta as tendências emergentes em estudos empíricos de avaliação de IES no contexto nacional, na legislação concernente ao SINAES, aos documentos produzidos pelo INEP e CONAES, assim como a estudos voltados a execução da estratégia. Utiliza-se para a abordagem do problema a técnica qualitativa, sendo que os objetivos de estudo são desenvolvidos por meio de uma pesquisa explicativa e a estratégia da pesquisa é de caráter bibliográfico. Há indicativos de que, de forma equivalente a outras organizações, as barreiras para execução da autoavaliação de forma efetiva em IES, estão vinculados a falta de elementos como: uma liderança atuante, persistente com atitudes para as mudanças essenciais na cultura destas organizações; capacitação que crie um ambiente mais receptivo às novas mudanças; programas que incentivem o envolvimento dos funcionários; sistemas e mecanismos de gestão estratégica e processos alinhados a estratégia institucional