A literatura administrativa contempla algumas variedades de estrutura. Dentre elas estão a estrutura centralizada funcional, descentralizada divisional (por produto, por clientela, por base territorial e por processo), adaptativa (por projeto e matricial) e inovativa. As universidades, por sua vez, contemplam praticamente todas as possibilidades citadas acima. Na administração superior, nas direções de centro e nos departamentos de ensino, encontramos uma estrutura tipicamente funcional. Nela, as pessoas estão agrupadas de acordo com seus conhecimentos técnicos e suas habilidades específicas. Muitas universidades são multi-campi, ou seja, seus departamentos funcionais se duplicam por intermédio de seus vários campi. Esta é a característica da estrutura divisional por base territorial. Mas uma das características principais das universidades modernas é a estrutura adaptativa. Neste caso, ela contempla, simultaneamente, a estrutura por projeto e a estrutura matricial. Na primeira, a estruturação é feita de acordo com os vários projetos (desde que tenham porte, custo e duração relativamente altos) em andamento. Os cursos de especialização se enquadram bem neste esquema. Os professores tem um chefe funcional e tantos outros chefes (no caso, coordenadores de curso) quanto comportar seu interesse e sua capacidade de trabalho. Na estrutura matricial, estes projetos tem caráter permanente (como é o caso dos cursos de graduação, mestrado e doutorado). O modelo federalista, que pode ser considerado como inovativo, receita pouco poder à unidade central e muito poder às unidades periféricas, também se enquadra na realidade das universidades. Em resumo, pode-se afirmar que as universidades contemplam várias estruturas simultaneamente, sendo, portanto, organizações multi-estruturais
