Een set van meer dan duizend P. infestans-isolaten afkomstig van aardappelproductievelden en onderzoeksvelden werd verzameld in de periode 2000-2009. De genetische diversiteit van de Nederlandse populatie werd bepaald. De resultaten laten zien dat elk jaar als gevolg van de seksuele cyclus een groot aantal nieuwe genotypen wordt gevormd, waarvan er slechts enkele zo succesvol zijn dat ze lokaal of regionaal een epidemie veroorzaken

Bosch, G.B.M., van den

Evenhuis, A.

Flier, W.G.

Gent-Pelzer, M.P.E., van

Huang, S.

Jacobsen, E.

Kessel, G.J.T.

Lee, T.A.J., van der

Ying, L.

Dutch

Wageningen Yield 

180 GewasbescherminG | jaargang 42 | nummer 4 | juli 2011
werkGroepen ] 
Lien Bertier1, 
Henk Brouwer 3, 
Arthur de Cock3, 
Liesbet D’hondt, 
Leen Leus2 & 
Monica Höfte1
1 Universiteit Gent, Vakgroep 
Gewasbescherming, Labo 
Fytopathologie, Coupure 
links 653, BE-9000 Gent, 
België
2 Instituut voor Landbouw- 
en Visserijonderzoek (ILVO), 
Eenheid Plant, Toegepaste 
Genetica en Veredeling, 
Caritasstraat 21, BE-9090 
Melle, België
3 CBS-KNAW, Fungal 
Biodiversity Centre, 
Uppsalalaan 8, 3584 CT 
Utrecht, Nederland
Evolutie van het Phytophthora 
porri-complex door 
waardplantadaptatie, 
hybridisatie en polyploïdisatie
Sinds de beschrijving van Phytophthora infestans, 
de veroorzaker van de Ierse hongersnood ander-
halve eeuw geleden, is het aantal Phytophthora-
soorten exponentieel gegroeid. Vandaag de dag 
zijn meer dan honderd verschillende soorten 
bekend en zij zijn bijna allemaal plantenpathoge-
nen. Fylogenetisch wordt het geslacht opgedeeld 
in tien betrouwbare clades en in dit onderzoek 
werd het vóórkomen, de genetische diversiteit en 
waardplantadaptatie van Phytophthora porri en 
andere Phytophthora-clade 8b-soorten (uitgezon-
derd Phytophthora syringae) nader onderzocht.
Clade 8b bevat een groep van traaggroeiende, 
homothallische en koudetolerante soorten die 
voornamelijk ziekte kunnen veroorzaken op vol-
legrondsgroenten in winterteelten in België en in 
regio’s met gelijkaardige klimatologische condities. 
We hebben een collectie opgebouwd bestaande 
uit 91 culturen, geïsoleerd van elf verschillende 
waardplanten en afkomstig uit dertien verschil-
lende landen. De culturen werden ofwel vers 
geïsoleerd van besmette planten of zijn afkomstig 
uit cultuurcollecties. Sequenering van de rDNA 
ITS-regio en het mtDNA Cox1-gen doet vermoe-
den dat clade 8b naast de drie beschreven soorten 
(P. porri, P. primulae en P. brassicae) meerdere an-
dere soorten bevat die nog onbeschreven zijn. Ook 
wijst de duidelijke correlatie tussen de fylogeneti-
sche data en pathogeniteitsdata op een speciatie 
onder invloed van de waardplant.
Verschillende isolaten toonden dimorfe posities 
in hun ITS-regio, een kenmerk dat typisch is voor 
interspecifieke hybriden. Klonering van de ITS 
regio, Cox1-sequenering en genoomgroottebepa-
lingen met behulp van flow-cytometrie ondersteu-
nen deze hypothese. Uit onze resultaten blijkt dat 
interspecifieke hybridisatie minstens twee keer is 
voorgekomen binnen deze clade, waarbij verschil-
lende oudersoorten betrokken zijn geweest.
Met behulp van flow-cytometrie werd ook opge-
merkt dat polyploïdie een gemeenschappelijke 
eigenschap is binnen clade 8b. Het ecologisch 
belang hiervan wordt momenteel onderzocht. 
KNPV werkgroep Phytophthora & Pythium
Samenvattingen van de 20e bijeenkomst, gehouden op donderdag 28 april 2011 te Gent.
Een ontmoeting met de 
Nederlanders: populatiegenetica 
van Phytophthora infestans in 
Nederland gedurende het 
laatste decennium
Een set van meer dan duizend P. infestans-iso-
laten afkomstig van aardappelproductievelden 
en onderzoeksvelden werd verzameld in de 
periode 2000 - 2009. De genetische diversiteit 
van de Nederlandse populatie werd bepaald 
met een set van twaalf zeer informatieve 
nucleaire SSR-merkers, twee mitochondriale 
merkers en door de bepaling van het paring-
stype. Analyse van de genetische diversiteit 
laat zowel een complex patroon zien, met 
322 unieke genotypen, maar onthult ook het 
bestaan van enkele dominante lijnen die zich 
klonaal verspreiden. De fluctuaties in het 
voorkomen van deze klonale lijnen in tijd en 
ruimte zijn nu voor het eerst duidelijk in kaart 
gebracht. De resultaten laten zien dat elk jaar 
als gevolg van de seksuele cyclus een groot 
aantal nieuwe genotypen wordt gevormd, 
waarvan er slechts enkele zo succesvol zijn dat 
ze lokaal of regionaal een epidemie veroorza-
ken. Er werden regionale verschillen gevon-
den die gecorreleerd waren met de teelt van 
zetmeelaardappelen. Naast de SSR-merkers, die 
als neutraal beschouwd kunnen worden, zijn 
enkele functionele merkers ontwikkeld voor 
virulentie op aardappelcultivars met specifieke 
R-genen, o.a. voor virulentie ten aanzien van 
het Blb1-resistentiegen. Met deze functionele 
merker konden we laten zien dat de frequen-
tie van virulente isolaten in Nederland laag is 
(<0.05%) en dat virulente isolaten al in Neder-
land aanwezig waren voordat er sprake was van 
selectie. De eerste virulente isolaten werden 
namelijk al gevonden voordat het Blb1-gen 
geïdentificeerd was, in een periode dat slechts 
een gering aantal aardappelplanten met het 
Blb1-gen (met name geniteuren) in het veld 
stonden. In totaal werden uit de periode 2000 - 
Theo van der Lee1, 
Ying Li1,2, Trudy van 
den Bosch1, Marga 
van Gent-Pelzer1, 
Bert Evenhuis1, Evert 
Jacobsen3, Sanweng 
Huang2, Wilbert Flier1,4 
& Geert Kessel1
1 Plant Research 
International (Wageningen 
UR) Wageningen, The 
Netherlands
2 Institute of Vegetables 
and Flowers, China Academy 
of Agricultural Sciences, 
Beijing, China
3 Wageningen University 
(Wageningen UR) Wage-
ningen, The Netherlands
4 Huidig adres: DuPont de 
Nemours Nederland BV 
181GewasbescherminG | jaargang 42 | nummer 4 | juli 2011
[ werkGroepen
Arthur de Cock1, 
Gregg Robideau2, 
Kana Bala2, 
Michael Coffey3, 
Gloria Abad4 & 
André Lévesque2
1 CBS-KNAW Fungal 
Biodiversity Centre,  
Utrecht, Nederland
2 Agriculture and Agri-Food 
Canada, Ottawa, CANADA
3 Department of Plant 
Pathology and Microbiology, 
University of California, 
Riverside, CA, U.S.A.
4 USDA-APHIS-PPQ-PHP-
RIPPS-Molecular Diagnostics 
Laboratory, Beltsville, MD, 
U.S.A.
2009 tien onafhankelijke genotypen gevonden 
die virulent zijn op aardappellijnen met het 
Blb1-resistentiegen. Het lijkt er op dat deze P. 
infestans-genotypen ontstaan zijn na een sek-
suele cyclus en zich daarna niet of nauwelijks 
hebben weten te verspreiden door het vormen 
van aseksuele sporen. Mede door de geringe 
verspreiding van deze virulente isolaten is Blb1 
momenteel een effectief resistentiegen.
Dordrecht, The Netherlands
Correspondentie: T.A.J. 
van der Lee; e-mail: theo.
vanderlee.wur.nl
De onvermijdelijke opsplitsing 
van Pythium
Dat het genus Pythium, in 1858 beschreven door 
Pringsheim, morfologisch heterogeen is, is al lang 
bekend. Het belangrijkste kenmerk dat de Pythium-
soorten gemeen hebben is de wijze waarop de zoö-
sporen gevormd worden: het protoplasma stroomt 
door een buis uit het sporangium en de zoösporen 
worden gevormd buiten het sporangium, vanuit 
het ongedifferentieerde klompje protoplasma dat 
slechts is omgeven door een membraan. Verder 
zijn er echter grote verschillen in morfologie van de 
voorplantingsstructuren. Het belangrijkste verschil 
is de vorm van het sporangium, dat uiteenloopt van 
een ongedifferentieerde hyfe tot een bolvormige 
of eivormige structuur, al dan niet met interne 
proliferatie. Er zijn in het verleden verscheidene po-
gingen gedaan om het genus op te delen, hetzij in 
subgenera, hetzij in nieuwe genera, op basis van de 
sporangiumvorm. Deze pogingen zijn nooit breed 
geaccepteerd. 
Het huidige fylogenetische onderzoek bevestigt 
de heterogeniteit van Pythium, waarbij met name 
een correlatie wordt gevonden met de sporangi-
umvorm. Andere morfologische verschillen zoals 
de oögoniumornamentatie blijken veel minder of 
niet te correleren (Lévesque & de Cock, 2004). Een 
van de Pythium-clades bleek nauwer verwant aan 
Phytophthora dan aan Pythium en werd op grond 
daarvan en vanwege morfologische kenmerken 
beschreven als een nieuw genus, Phytopythium 
(Bala et al., 2010). Uzuhashi et al. (2010) publi-
ceerden recentelijk een herindeling van Pythium 
in vier nieuwe genera: Ovatisporangium (=Phyto-
pythium), Globisporangium, Elongisporangium 
en Pythium sensu stricto, terwijl een nieuwe soort 
geplaatst werd in een nieuw genus Pilasporangium. 
De fylogenetische basis voor deze herindeling was 
beperkt tot partiële sequenties van het ribosomale 
LSU en cytochroom oxidase II (COII) terwijl ook het 
nomenclatorisch onderzoek naar oudere bestaande 
namen onvolledig was. Bepaalde recente ontwik-
kelingen waren in dit onderzoek niet meegenomen: 
de genera Pythiogeton (Sarpolegniales!) en Lageni-
dium (Lagenidiales!) blijken temidden van de Py-
thium-clades te clusteren in fylogenetische bomen 
gebaseerd op LSU en COI. Het genus Pythium s.s. 
blijkt daarbij zelfs gesplitst te worden in twee delen. 
Overigens is het opduiken van Pythiogeton en 
Lagenidium in de Pythium-boom niet onlogisch: ze 
hebben dezelfde wijze van zoösporenvorming als 
Pythium. Deze recente ontwikkelingen maken het 
opsplitsen van Pythium onvermijdelijk. In lopend 
onderzoek wordt m.b.v. multi-gen-analyse de on-
derbouwing van een nieuwe indeling van Pythium 
geëvalueerd waarbij zoveel mogelijk isolaten van 
Pythiogeton en Lagenidium zullen worden meege-
nomen. Een nomenclatorisch literatuuronderzoek 
maakt ook deel uit van deze studie.
Referenties 
Bala K, Robideau GP, Lévesque CA, de Cock AWAM, Abad ZG, 
Lodhi AM, Shahzad S, Ghaffar A, Coffey MD (2010) Phytopy-
thium Abad, de Cock, Bala, Robideau & Levesque, gen. nov. and 
Phytopythium sindhum Lodhi, Shahzad & Levesque, sp. nov. 
Persoonia. 24: 136-137
Lévesque CA & de Cock, AWAM (2004) Molecular phylogeny and 
taxonomy of the species of the genus Pythium. Mycological 
Research 108: 1363-1383
Uzuhashi S, Tojo M & Kakishima M (2010) Phylogeny of the 
genus Pythium and description of new genera. Mycoscience 
51:337–365
De ontdekking van twee nieuwe 
Phytophthora-soorten in ITS-
clade 2a
In de teelt van Pachysandra en Buxus, beiden 
behorend tot de Buxaceae-familie, worden 
regelmatig ziektebeelden als verwelking, verdro-
ging en afsterving van de planten waargenomen. 
Eén van de oorzaken is aantasting van de plant 
vanuit een basisrot door Phytophthora-soorten. 
Twee Phytophthora-soorten, respectievelijk van 
Pachysandra terminalis en Buxus sempervirens, 
zijn in diverse laboratoria in Nederland, België 
Karin Rosendahl & 
Patricia van Rijswick 
Nieuwe VWA, Divisie Plant, 
NRC, Mycologie, Wageningen


Een ontmoeting met de Nederlanders: populatiegenetica van Phytophthora infestans in Nederland gedurende het laatste decennium

Name not available

Een ontmoeting met de Nederlanders: populatiegenetica van Phytophthora infestans in Nederland gedurende het laatste decennium

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Wageningen Yield

Name not available