Identificación bioinformática de Polimorfismos de Nucleótido Simple (PNSs) en genes de proteínas asociadas a queratinas en alpacas (Vicugna pacos)

Abstract

El objetivo del presente trabajo fue identificar polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) en genes de proteínas asociadas a las queratinas (KRTAPs) en alpacas (Vicugna pacos). Se realizó el estudio en un total de 34 KRTAPs que se encuentran anotados en el genoma de referencia VicPac3.1 en la base de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI). El genoma de referencia VicPac3.1 de alpaca, nueve genomas (NCBI) y reads de 300 bibliotecas de representación reducida de ADN de alpacas se usaron para comparar secuencias de KRTAPs e identificar PNSs mediante el uso del BLASTN.  Se halló la frecuencia del alelo menor (MAF) y la tasa de genotipificacion (TG) de PNSs, mediante el uso de los programas KGD y PLINK. Así como, el Illumina Score para cada PNS, mediante el uso del programa Illumina Design Studio. Se seleccionaron marcadores con MAF ≥ 0.05, TG ≥ 45% por PNS basado en secuencias reads e Illumina Score ≥ 0.6. Se identificaron 67 PNSs ubicados en las regiones intrónicas, exónicas y/o no traducidas de los genes de proteínas asociadas a las queratinas, que cumplen con dichos parámetros. De estos, 35 PNSs fueron incluidos en una micromatriz de 76 mil PNSs de alpaca y 32 PNSs fueron validados en una población de 936 alpacas.This study aimed to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) in keratin-associated protein genes (KRTAPs), in alpacas (Vicugna pacos). The study was conducted on 34 KRTAPs genes that are annotated in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database.  The reference genome VicPac3.1, nine genomes (NCBI) and reads from 300 alpaca reduce representation DNA libraries were used to compare KRTAPs sequences to identify SNPs, using BLASTN. The minor allele frequency (MAF) and the genotyping rate were calculated using KGD and PLINK software. The Illumina Score was calculated with the Illumina Design Studio software for each SNP. Markers with minor allele frequency ≥0.05, a genotyping rate > 45% per SNP based on read sequences and an Illumina Score ≥ 0.6 were selected. Sixty-seven SNPs identified in intron, exon and/or untranslated regions of the keratin-associated protein genes met these parameters. Of these, 35 SNPs were included in the 76K alpaca SNP microarray and 32 SNPs were confirmed in a population of 936 alpacas