Il miele è al centro di una catena di valore agroalimentare di rilievo in Europa. Tuttavia, la sua purezza può essere compromessa da contaminanti di origine antropica e naturale, rappresentando potenziali rischi per la salute umana. Questa tesi affronta la necessità di sviluppare metodiche innovative e efficienti per il monitoraggio di contaminanti chimici nel miele tramite l’utilizzo della spettrometria di massa, con particolare attenzione a micotossine e pesticidi. La ricerca si è articolata in due fasi principali; la prima fase ha previsto lo sviluppo e la validazione di una metodologia multi-residuale per la determinazione di 19 micotossine e 6 pesticidi nel miele, utilizzando la spettrometria di massa ad alta risoluzione. La seconda fase della ricerca ha avuto come focus l’ottimizzazione e validazione dell’analisi di glifosato, glufosinato e loro metaboliti attraverso LC-MS/MS e IC-HRMS. Con i risultati ottenuti si è potuta dimostrare la comparabilità e l'efficacia degli approcci utilizzati anche a concentrazioni molto basse, fornendo dati affidabili sulla determinazione di contaminanti nei campioni di miele. I protocolli analitici di entrambe le fasi sono stati applicati a campioni di miele reali di varia provenienza, rivelando la presenza di pesticidi organofosfati in due campioni e la presenza di glifosato in più della metà dei campioni sottoposti ad analisi. Durante questo periodo di ricerca è stato possibile evidenziare come l’importanza della valutazione dei metaboliti e il valore di tecniche analitiche che bilancino studio della matrice, sensibilità, selettività e praticità per una valutazione accurata del rischio di esposizione del consumatore. La ricerca fornisce un contributo significativo alla sicurezza alimentare nel settore apistico, promuovendo l'adozione di protocolli analitici armonizzati per garantire coerenza e comparabilità nei dati. Infine, sottolinea l'importanza della sperimentazione e il monitoraggio per affrontare le sfide in evoluzione legate alla sicurezza alimentare e alla preservazione della qualità del miele e della filiera apistica.Honey is at the center of a major agrifood value chain in Europe. However, its purity can be compromised by contaminants of anthropogenic and natural origin, posing potential risks to human health. This thesis addresses the need to develop innovative and efficient methods for monitoring chemical contaminants in honey using mass spectrometry, with a focus on mycotoxins and pesticides. The research consisted of two main phases; the first phase involved the development and validation of a multi-residual methodology for the determination of 19 mycotoxins and 6 pesticides in honey, using high-resolution mass spectrometry. The second phase of the research focused on the optimization and validation of the analysis of glyphosate, glufosinate and their metabolites by LC-MS/MS and IC-HRMS. With the results obtained, it was possible to demonstrate the comparability and effectiveness of the approaches used even at very low concentrations, providing reliable data on the determination of contaminants in honey samples. The analytical protocols of both phases were applied to real honey samples from various sources, revealing the presence of organophosphate pesticides in two samples and the presence of glyphosate in more than half of the samples submitted for analysis. During this research period it was possible to highlight how the importance of metabolite assessment and the value of analytical techniques that balance matrix study, sensitivity, selectivity and practicality for accurate assessment of consumer exposure risk. The research makes a significant contribution to food safety in the beekeeping sector by promoting the adoption of harmonized analytical protocols to ensure consistency and comparability in data. Finally, emphasizes the importance of sperimentation and monitoring to address evolving challenges related to food safety and preservation of honey quality and the bee supply chain