El propósito de la investigación fue comparar las propiedades funcionales de cinco almidones (ocumo, yuca, mapuey, ñame congo y caña agria) desarrollados en la universidad y determinar su efecto al ser utilizados como controladores de filtros sobre las propiedades físicas de un fluido base agua. Durante el estudio de las propiedades funcionales se detectó buen contenido de amilosa en los almidones, necesaria para el buen desempeño de los fluidos de perforación, pH ácido característico de los almidones naturales y buen desempeño para la adsorción de agua. Los fluidos formulados presentaron buena reología y filtrado menor a diez para los almidones de ocumo, yuca y caña agria. Lo contrario fue el caso de los almidones de mapuey y ñame congo, cuyos valores fueron superiores a diez. El diseño factorial mostró diferencias estadísticas significativas entre los almidones (bloques) con respecto al comercial, pero no entre éste y el almidón de caña agria. Así mismo, hubo diferencias estadísticas entre las propiedades físicas de los almidones con el comercial, a excepción del almidón de caña agria, que solo difirió en filtrado respecto al comercial. A pesar de los resultados, no se descartan otros fluidos, pues su uso depende de las condiciones de operación de la perforación