. We describe a new method of processing similarity queries of a proteic multiple alignment with a set (database) of protein sequences, or similarity queries of a protein sequence with a set of protein alignments. We use a representation of multiple alignments as alignment-graphs. Comparisons with different classical methods is made. This new method allows the detection of subtle similarities which are not found by the other methods. It has direct applications for similarities querying with the database of protein domains ProDom. BlastMultAl: une extension de Blast pour la recherche de similarit'es au moyen de graphes d'alignement. R'esum'e. Nous d'ecrivons une nouvelle m'ethode de recherche de similarit'es d'un alignement multiple de prot'eines avec un ensemble (une base de donn'ees) de s'equences prot'eiques, ou de recherche de similarit'es d'une s'equence prot'eique avec un ensemble d'alignements multiples de prot'eines. Nous comparons cette approche avec des approches classiques..
