Mười sáu dòng vi khuẩn có khả năng cố định đạm được phân lập từ đất vùng rễ lúa được trồng tại bốn huyện thuộc Tỉnh Đồng Tháp là Lai Vung, Thanh Bình, Tam Nông và Tháp Mười (với 4 dòng ở mỗi Huyện) được phân tích vùng 16S rDNA bằng cặp mồi tổng 27F và 1495R, sản phẩm PCR được phân cắt bởi 4 enzyme cắt giới hạn (RE) là MspI, SmaI, EcoRI, HinfI. Kết quả enzyme MspI có mức đa hình cao nhất với chỉ số PIC là 0,9238, EcoRI có tỷ lệ đa hình thấp nhất với chỉ số PIC là 0,6104. Hai RE còn lại là HinfI và SmaI có chỉ số PIC lần lượt là 0,8298 và 0,7471. Kết quả phân nhóm bằng phần mềm NTSYS PC-2.1 cho thấy 16 dòng vi khuẩn được chia thành 6 nhóm ở mức khác biệt khảo sát là 0,654%. Các dòng vi khuẩn phân lập trong cùng một huyện cũng thể hiện sự khác biệt trên giản đồ phả hệ. Bốn dòng phân lập từ huyện Lai Vung có mức độ khác biệt 1,87%, huyện Thanh Bình khác biệt ở mức 0,38%, huyện Tam Nông là 1,70% và Tháp Mười là 1,21%. Tám dòng vi khuẩn thuộc nhóm đất phèn (huyện Tam Nông và huyện Tháp Mười) được phân thành 4 nhóm trong khi đó 8 dòng thuộc nhóm đất phù sa (huyện Thanh Bình và Lai Vung) phân bố trong 3 nhóm
